出现肺部感染的原因多为吸入性损伤，气管切开或插管，误吸、肺水肿、肺不张、休克、手术麻醉、创面侵袭性感染、化脓性血栓性静脉炎等。
肺部感染病因学分类
一、细菌性肺炎如肺炎链球菌(即肺炎球菌)、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌、肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、埃希大肠杆菌、绿脓杆菌等。
二、非典型病原体所致的肺炎如军团菌、支原体和衣原体等。
三、病毒性肺炎如冠状病毒、腺病毒、流感病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。
四、真菌性肺炎如白念珠菌、曲霉、放射菌等。
五、其它病原体所致的肺炎如立克次体、弓形虫、原虫、寄生虫如肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫)等。机体免疫力低下者(如艾滋病患者)容易伴发肺部卡氏肺包子虫、军团菌、鸟形分支杆菌、结核菌、弓形体等感染。
六、理化因素所致的肺炎如放射性肺炎、胃酸吸入、药物等引起的化学性肺炎等。
七、支原体肺炎由肺炎支气体引起。
细菌性肺炎，病毒性肺炎和非典型性原体所致的肺炎的常见患病原因，多与其外界病毒和免疫功能下降有关。
细菌性肺炎
主要有感染性和理化性如放射线、毒气、药物以及变态反应性如过敏性肺炎等，临床所见绝大多数为细菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、真菌和寄生虫等引起的感染性肺炎，其中以细菌最为常见。
病毒性肺炎
病毒性肺炎为吸入性感染，通过人与人的飞沫传染，主要是由上呼吸道病毒感染向下蔓延所致，常伴气管-支气管炎，其中以流行性感冒病毒为常见，其他为副流感病毒、巨细胞病毒、腺病毒、鼻病毒、冠状病毒和某些肠道病毒，如柯萨奇、埃可病毒等，以及单纯疱疹、水痘-带状疱疹、风疹、麻疹等病毒。婴幼儿还常由呼吸道合胞病毒感染产生肺炎。
真菌性肺炎
引起原发性真菌性肺炎的大多是皮炎芽生菌，荚膜组织胞浆菌或粗球孢子菌，其次是申克孢子丝菌，隐球菌，曲菌或毛霉菌等菌属。真菌性肺炎可能是抗菌治疗的一种合并症，尤见于因病情严重或接受免疫抑制治疗以及患有艾滋病而致防御功能下降的病人。虽然有其他的病原体，但对于免疫功能健全的人来说，是不致病的。
非典型病原体所致的肺炎
炎支原体、肺炎衣原体和军团菌被认为是非典型病原体中代表性的致病微生物，都是细胞内病原体。临床表现较典型大叶性肺炎(肺炎链球菌肺炎)症状明显为轻、实变体征甚少的肺炎，这类肺炎的主要病原体是肺炎支原体和肺炎衣原体，而军团菌肺炎亦因其肺外症状显著而有别于典型肺炎被归入“非典型肺炎”。军团菌为G一杆菌，而支原体和衣原体在分类上另成一类，但它们能独立生活，能在无细胞培养基上生长，以二分裂繁殖，对大环内酯类和喹诺酮类抗生素敏感，因而有人将它们称为“类细菌”。
肺部感染最常见的是肺炎，还包括终末气道、肺泡腔及肺间质在内的肺实质炎症，虽然引起肺部感染，导致肺炎发生的病原体有很多，但是每种类型里面都有比较常见的病原体和常见的感染原因。