有多种病因、多种因素所致，分内在因素、感染性及非感染性三类。
1、内在因素
(1)消化系统发育不成熟
婴幼儿时期，胃酸及消化酶分泌不足，消化酶的活性较低，神经系统对胃肠道调节功能较差，不易适应食物的质和量，且生长发育快，营养物质的需要相对较多，胃肠道负担较大，消化功能经常处于紧张状态，易发生消化功能紊乱。
(2)机体防御功能较差
婴幼儿时期免疫功能相对不够成熟，血液中的免疫球蛋白和胃肠道SIgA均较低，胃肠屏障功能较弱，胃酸分泌量少，胃肠排空较快，对感染因素防御功能差。另外，新生儿出生后尚未建立完善的肠道正常菌群，对侵入肠道的病原微生物拮抗能力弱，人工喂养者食物中缺乏母乳含有的大量免疫物质，且食物和食具污染机会较多，肠道感染的发生率明显高于母乳喂养儿。
(3)体液分布特点
婴儿细胞间质液较多，且水代谢旺盛，肾功能调节差，易发生体液紊乱。
2、感染因素
(1)肠道感染
主要由细菌和病毒引起。
①细菌
除法定传染病外有
A.大肠埃希杆菌
按其致病机制分类为致病性大肠杆菌、产毒素性大肠埃希杆菌、侵袭性大肠埃希杆菌、出血性大肠埃希杆菌、黏附性大肠埃希杆菌。
B.空肠弯曲菌。
C.耶尔森菌。
D.其他
鼠伤寒沙门菌、变形杆菌、绿脓杆菌、克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、难辨梭状芽孢杆菌等。
②病毒
A.轮状病毒，是引起婴幼儿腹泻的主要病原。
B.诺沃克病毒。
C.肠道腺病毒。
D.其他
星状病毒、杯状病毒、冠状病毒等。
③真菌和原虫
真菌感染主要为白色念珠菌，一些原虫的感染如蓝氏贾第鞭毛虫、结肠小袋虫、隐孢子虫、阿米巴原虫等。
(2)肠道外感染
小儿患上呼吸道感染、肺炎、肾盂肾炎、中耳炎、皮肤感染及其他急性感染性疾病时可伴有腹泻，这是由于发热及病原体毒素的影响，使消化功能紊乱，酶分泌减少，肠蠕动增加所致。
3、非感染因素
主要为饮食因素、气候因素和过敏因素。喂养不当是引起腹泻的主要原因之一。过多过早喂哺大量淀粉类、脂肪类食物，突然改变食物品种和断奶等均可导致腹泻。气候的突然变化，使肠蠕动增加，消化酶和胃酸分泌减少，可诱发腹泻。一些吸收不良综合征如乳糖不耐受症、糖原性腹泻、先天性氯化物性腹泻、遗传性果糖不耐受症、胰腺囊性纤维性变、原发性肠吸收不良等都可引起腹泻。牛奶蛋白过敏者，吃牛乳后48h发生水样泻。