基底细胞癌细胞团位于真皮内与表皮相连，瘤细胞似表皮基底细胞，但细胞核大，卵形或长形，胞浆相对少，细胞境界不清，细胞间无细胞间桥，周边细胞呈栅状排列，境界清楚，瘤细胞的核大小，形态及染色均颇一致，无间变，瘤团周围结缔组织增生，围绕瘤团排列成平行束，其中有许多幼稚成纤维细胞，并可见黏蛋白变性，由于黏蛋白在标本固定与脱水过程中发生收缩，因而瘤团周围出现裂隙，此虽为人工现象，但为本病的典型表现，而有助与其他肿瘤鉴别。
基底细胞癌应与鳞状细胞癌，Bowen病，Paget病，日光角化病，脂溢性角化病等鉴别。
1.结节型初期应与传染性软疣和老年性皮脂腺增生等鉴别，后者的损害中央常有充以角蛋白的点状凹陷。
2.溃疡型应与溃疡型鳞状细胞癌鉴别。
3.色素型应与恶性黑瘤等鉴别 基底细胞癌边缘内卷，有毛细血管扩张，色泽呈褐色，周围无色素晕，早期色素增加的基底细胞癌与传染性软疣，老年性皮腺增生则难区别，后者可见在损害中央有充以角蛋白的点状凹陷。
4.硬化型基底细胞癌质地似局限性硬皮病，但前者边缘常不十分清楚，最后诊断主要靠组织病理检查。
5.表浅型易与湿疹，银屑病，寻常疣，角化棘皮瘤，鳞癌或传染性软疣相混淆，但若注意其线形边缘，可资鉴别，当基底细胞癌表面有明显结痂或鳞屑时，应与寻常疣，角化棘皮瘤和鳞癌等相鉴别，浅表型基底细胞癌则颇似湿疹，扁平苔藓，银屑病，但要注意其线形边缘不清楚，可与局限性硬皮病相鉴别，另外表浅型基底细胞癌的鳞屑易于剥去,但最终往往靠病理检查来确定。
6.纤维上皮瘤型应与纤维瘤鉴别。
7.囊性基底细胞癌应与其他皮肤囊肿鉴别，仅凭肉眼观察误诊率极高，必须通过组织病理学检查，方可确诊。
温馨提示
基底细胞癌细胞角蛋白(cytokeratin)染色阳性，alpha-2和β1intergrin染色亦呈阳性，但细胞间黏附分子1(1CAM-1)，白细胞功能抗原la(LFA-la)和血管细胞黏附分子1(VCAM-1)阴性，有时肿瘤细胞HLA-DR抗原阳性，大多数肿瘤细胞P53蛋白表达阳性。X线摄片，CT和MRI等检查，对估计癌肿的范围和侵犯层次有帮助。