(一)抗结核药物治疗
早期肾结核肾盂造影显示病变较轻或局限，正确使用抗结核药物多能治愈。在治疗中，将2～3种药物联用，结核病变影响到肾被膜继发感染，干酪样物质堵塞输尿管时，出现钝痛或绞痛。肾结核合并对侧肾积水，也有腰痛和腰部肿块。输尿管结核病变引起管腔堵塞，造成肾积水或肾积脓时。腰部出现胀痛和肿块。
(二)营养支持疗法
给予高热量，高蛋白富含营养的食物，保证休息，改善全身的营养状况。
(三)手术治疗
1.肾切除术肾结核破坏严重应进行肾切除，手术前必须明确对侧肾功能正常。肾结核对侧肾积水、梗阻严重肾功能代偿不良应争取先引流解决肾积水，挽救肾功能，而后再行病肾切除术。
2.肾结核病灶清除术和肾部分切除术此类手术可以作为药物治疗的补充。前提是所保留的肾组织基本是健康的，输尿管和膀胱功能良好。近年很少用这类手术。
(四)并发症的治疗
肾结核合并对侧肾积水的治疗，必须在结核控制以后。肠膀胱扩大术一般适用于膀胱结核已愈合，无尿道结核的病人。挛缩性膀胱的男性病人往往有前列腺结核，不宜行肠膀胱扩大术。有尿道梗阻的挛缩膀胱考虑尿流改道手术(输尿管皮肤造口术、回肠膀胱术)。