泌尿系统结核的治疗原则是控制活动性结核灶，尽可能保存最多的肾功能。以药物治疗为主，手术治疗为辅。
1.抗结核药物治疗
(1)抗结核治疗方案：由于结核菌生长缓慢，部分长期处于休眠状态，而且易发生耐药性。其抗菌治疗远比其他细菌困难，因此，数十年来国内外多采用联合用药长程化疗的方法，如链霉素、异烟肼、对氨水杨酸，或链霉素、异烟肼、乙胺丁醇三联用药，疗程为1~2年，但由于患者难以坚持全程规律用药，常常影响疗效。自1966年利福平问世后，经过大量的动物试验及临床研究，发现6~8个月的短程疗法效果与长程疗法相同。最佳方案为异烟肼、利福平、吡嗪酰胺三联用药，具体用法为异烟肼300mg/d、利福平450~600mg/d、吡嗪酰胺1.5~2g/d，2个月后停用吡嗪酰胺，继续用异烟肼300mg/d、利福平450~600mg/d，4~6个月，也可采用间歇性维持用药方法，即异烟肼600mg/d、利福平900mg/d，每周3次，连用2~4个月。服用上述药物时，应将1d或隔天剂量于餐前半小时，一次服完，这样可使药物在体内达到较高浓度，从而提高灭菌效果，减少耐药菌株的产生。结核病变严重时可在头2个月加用链霉素1g/d，有耐药菌株时，加用乙胺丁醇750mg/d ，或有效的喹诺酮类抗生素如氧氟沙星800mg/d。
(2)抗结核药物治疗的注意事项：①不能在无任何诊断依据时随意进行抗结核试验治疗。②对诊断为尿路结核的患者，应严格按治疗方案用药，尽量根据药敏试验结果，选择敏感药物，不能随意用单一药物或缩短疗程，要督导患者用药，以免导致耐药菌株的产生。③用药期间应严密监测肝功能，早期轻度的转氨酶升高，可暂不停药，但如出现恶心、厌食、乏力、黄疸等肝炎的临床症状，应马上停药。待黄疸消退、转氨酶恢复正常后，可再次给药，但药量减半。④肾功能不全时，应适当减量，肌酐清除率下降至50ml/min时，药量减半。⑤使用链霉素时应注意眩晕、共济失调及听力减退等第8对脑神经损害的表现，因该药有肾毒性，严重肾功能不全时，不宜使用。⑥定期作尿常规、结核菌培养、耐药试验及尿路造影以观察疗效，如效果不佳，则应调整用药方案。必要时转为手术治疗。
2.手术治疗
近年来，由于短程化疗的应用，使手术治疗病例有所增加，约80%的泌尿、男生殖系结核患者需手术治疗。当药物治疗失败、肾脏已严重破坏，或结核引起输尿管狭窄、膀胱挛缩时，需采用手术治疗。值得重视的是，所有手术治疗病例，手术前后均需配合药物治疗。
(1)肾切除术 适应证：①结核引起的伴有钙化或不伴有钙化的无功能肾;②累及整个肾脏的广泛性肾结核，抗结核药物治疗效果不佳者;③肾结核伴有难治性高血压或肾盂输尿管梗阻、继发感染、合并大出血时;④一侧肾结核、对侧肾积水时，如积水肾功能代偿良好，先切除结核肾后解除对梗阻，如积水肾代偿不良，则先引流积水肾后切除结核肾。 手术前应按照短程化疗方案进行药物治疗，2~3周后行肾切除，手术后继续药物治疗1~2个月。 肾结核行肾切除时，应尽量切除肾周脂肪囊及病变输尿管，但一般不需另作下腹部切口来切除末段输尿管。肾切除术后一般不放置引流，以减少瘘道的形成。
(2)肾部分切除术 适应证：①局限在一极的钙化病灶，经6周强化药物治疗无明显改善;②钙化病灶逐渐扩大，有破坏整个肾脏的危险。由于现代短程化疗能很快的治愈局限性的结核病灶，因此，无钙化的肾结核，不该作部分肾切除术。 行部分肾切除术时，需结扎切除部分肾组织的供血动脉，分离肾周脂肪囊切开肾包膜，在包膜下切除病变肾组织，逐一结扎断端血管，用可吸收缝线关闭肾盂肾盏开口，缝合保留的肾包膜及肾周脂肪囊。术后局部引流数天。
(3)整形手术
输尿管结核引起狭窄梗阻，是导致肾功能损害的重要原因。常见的部位有输尿管膀胱连接部，其次是肾盂输尿管连接部，中段狭窄少见。少数患者可发生输尿管全程狭窄纤维化钙化，但由于这些病人基本上都伴有严重的肾损害，不可能再施行整形手术。膀胱结核引起的膀胱挛缩，也需行膀胱扩大术。
由于有部分患者的狭窄是因炎症引起，经药物治疗后可以解除，因此，应先进行药物治疗5~6周。为了避免用药期间输尿管病变纤维化加快，造成梗阻加重，在药物治疗期间应严密观察，每周作1次静脉尿路造影。也可经膀胱镜逆行插入双“J”管，作支架引流。如不能插入双“J”管，或插入后引流不理想，或肾结核病变进行性加重，可作经皮肾造瘘引流肾盂，并可行抗结核药物肾盂灌注。肾上腺皮质激素可抑制纤维组织的增生，如药物治疗3周后梗阻无减轻，可给予泼尼松龙20mg每日3次。如药物治疗期间梗阻继续加重，或药物治疗5~6周，拔除双“J”管后仍有明显梗阻，应进行手术解除梗阻。
①肾盂输尿管离断整形术：是解除肾盂输尿管连接部梗阻的常用手术，术中应放置双“J”管作支架，并作肾盂造瘘引流，术后可经造瘘管灌注5%异烟肼及1%利福平混合液，每日1次。双“J”管留置6周左右。
②输尿管膀胱吻合术：是解除输尿管膀胱连接部梗阻的常用手术，术前应作膀胱镜检查，了解膀胱黏膜病变情况，以便确定输尿管再植位置。吻合方法应采用黏膜下隧道法，并保证隧道长度等于输尿管直径的5倍，以防止术后尿液反流。如输尿管狭窄段过长，可将膀胱向上牵引缝合固定与腰大肌上以减少吻合口张力，也可采用膀胱壁瓣缝成管状并与输尿管吻合。
③输尿管纵行切开支架留置术：是解除输尿管中段狭窄的主要方法，可选择在输尿管镜下或直视下纵行切开输尿管狭窄段的方法，切开后留置双“J”管6周。如狭窄段太长，上述方法效果不佳时，可考虑行自体肾移植术。 输尿管狭窄解除术后可能再次发生狭窄，因此要求进行严密随访，至少每3个月作1次静脉尿路造影。如发现梗阻应及时处理。
④膀胱扩大术：用于治疗结核性膀胱挛缩，术前常规进行抗结核治疗5~6周。手术可采用隔离的末段回肠、回盲肠或乙状结肠，其中回盲肠更理想。其优点在于：肠壁较厚，与膀胱壁张力接近;回盲瓣有抗反流作用，可将输尿管与回肠吻合;黏液较乙结肠少。 术前应作尿流率检查，如尿流率降低者说明有膀胱出口梗阻。女性应作膀胱颈扩张或经尿道于3点及9点处切开膀胱颈。男性可行经尿道前列腺切除或膀胱颈切开术。一般要求在膀胱扩大术3周前解除膀胱颈梗阻。 手术前应作肠道准备，包括术前2~3d服药肠道抗生素、泻药及术前清洁灌肠等等。手术时先作输尿管吻合，再作结肠膀胱吻合，不需切除膀胱，在膀胱顶部切开或切除顶部后即可做吻合。