无精子症有两大类原因，一为睾丸有正常生精功能，由于输梗阻，使睾丸生成的精子不能排出体外，称为梗阻性无精子症：另一类为非梗阻性无精子症，是指睾丸本身生精功能障碍，不产生精子或只产生极少量的精子，导致精液中没有精子。
非梗阻性无精子症的病因
(1)遗传学异常：染色体数目异常，如Klinefelter综合征，又称氏综合征，染色体核型为47，XXY，是一种染色体数目异常所致的疾病，为临床上最常见的男性性腺功能低下，染色体结构异常，Y染色体微缺失，雄激素受体异常等。内分泌异常，如卡尔曼综合征、选择性促卵泡生长激素缺陷症。
(2)感染性疾病：如流行性腮腺炎病毒引起的睾丸炎及性传播疾病所致的睾丸损伤等。
(3)物理、化学及药物的影响：射线辐射及热辐射损伤、细胞毒性抗肿瘤药物、慢性酒精中毒等。
(4)外伤及医源性损伤。
(5)精索静脉曲张。
(6)环境因素：如环境污染物、食品添加剂、有机溶剂、农药及除草剂等。
梗阻性无精子症的病因
(1)先天性因素：
生殖系统先天性畸形如附睾囊肿、先天性双侧输精管缺如或闭锁、精囊不发育或缺如等。
(2)后天性因素：
生殖道感染如淋病、非淋菌性尿道炎及结核引起的附睾梗阻等;
创伤如外伤和手术所致的输精管及射精管的梗阻等;
肿瘤如附睾、精索、精囊和前列腺的肿瘤侵及或压迫输精管和射精管。以上都会导致无精子症。