本病治疗关键在于积极控制感染、防止复发、支除诱因、纠正先天或后天尿路结构异常，防止肾功能损害。
1、一般治疗
多饮水，勤排尿，减少细菌在膀胱内停留时间。
急性感染时应卧床休息，注重应该的供给。
女孩应注意外阴部清洁，积极治疗蛲虫。
2、抗菌疗法
1)药物选择一般根据：
①感染部位：对肾盂肾炎应选择血浓度高的药物，而下尿路感染则应选择尿浓度高的药物。
②肾损害少的药物。
③尿培养及药物敏感结果。
2)急性初次感染经以下药物治疗，症状多于2～3天内好转、菌尿消失。如治疗2～3天症状仍不见好转或菌尿持续存在，则细菌对该药可能耐药，应及早调整，必要时可两种药物联合应用。
(1)吡哌酸(pipemidic acid,PPA)
适应症：适用于各种类型尿感，但对大肠杆菌引起尿感，疗效显著。
用量30～50mg/(kg·d)，分3～4次口服。
特点：副作用少，可用轻度胃部不适。幼儿慎用。
(2)磺胺药
初次感染首选药物。
特点：对大多数大肠杆菌有较强抑菌作用，尿中溶解度高，不易产生耐药性，价格便宜。
常用药物：磺胺甲基异恶唑(SME)，多与增效剂甲氧苄氨嘧啶(TMP)联合应用(即复方新诺明SMZco)。
剂量为50mg/(kg·d)分2次服。一般疗程为1～2周。
注意事项：多饮水防止其在尿中形成结晶。肾功能不全时慎用。
(3)氨基苄青霉素、先锋霉素
均为广谱抗生素，有较好抑菌作用，常用于尿感的治疗。
注意事项：卡那霉素、庆大霉素肾毒性较大，并影响听力，使用时应慎重。
(4)呋喃坦啶
特点：抑菌范围广，对大肠杆菌效果显著，不易产生耐药性。对顽固性感染需3～4个月连接治疗时更宜选用此药。
剂量为8～10mg/(kg·d)，分3次口服。
注意事项：易致胃肠反应，宜在饭后服用。亦可配合三甲氧苄氨嘧啶TMP使用。
(5)氟哌酸
特点：对革兰阴性、阳性菌增色有较强抗菌作用。
剂量5～10mg/(kg·d)，分3～4次口服。
注意事项：长期应用可导致菌群失调。一般不用于幼儿。
3)疗程
急性感染时如所选用抗生素对细菌敏感，不伴发热者5天、其他10天疗程可使绝大多数病人感染得到控制。
对于再感染者具体建议如下
①对不经常再发者，再发后按急性处理;
②反复再发者，急性症状控制后可用呋喃坦啶、复方新诺明、吡哌酸或氟哌酸中的一种小剂量(治疗量的1/3～1/4)，每晚睡前服用1次，疗程可持续3～6个月。
对反复多次感染或肾实质已有不同损害者，疗程可处长至1～2年。
注意事项：采用联合用药或轮替用药防止耐药菌株产生，每种药物用2～3周后轮换使用。
3、积极治疗尿路结构异常
对于尿路结构异常，必须积极查找，尽早治疗，防止肾实质损害。