门静脉高压症的治疗从病因下手才是最根本的治疗，比如所有肝内型的病例最好的治疗手段就是肝移植，肝脏的问题解决了，门静脉自然畅通了，门静脉压力也就下来了。没有条件肝移植的病人则已控制肝脏病变进展为主要目的，移植肝炎病毒，减轻肝脏纤维化程度等。而肝后型则要从如何打通肝脏血液流出道方面考虑，如果是布加综合征可以考虑用介入的方法或做布加综合征根治术，缩窄性心包炎部分情况也是能够做手术解决的。肝前型的治疗手段比较少，门静脉本身的病变很难通过手术治好，往往只能对症治疗。
降低门静脉压的药物治疗
用于降低门静脉压力的药物主要有三大类。
(1)血管收缩药物
可以直接或间接地引起内脏血管收缩减少从而减少门静脉血流，以达到降低门静脉压力及减少侧支血流的作用。常用药物有垂体后叶素、醋酸特利加压素、思他宁、善宁、心得安、氨酰心安等
(2)血管扩张药物
通过松弛血管、扩张门静脉血管来降低门静脉压力或通过扩张外周血管、降低内脏动脉血流从而降低门静脉压力。常用药物有哌唑嗪、酚苄明、酚妥拉明、可乐定、以及硝酸甘油、消心痛、心痛定、异搏定等
(3)其他
比如速尿、螺内酯等利尿药可通过降低血容量并减低心排血量、减少内脏血流量而降低门静脉压，丹参、当归、川芎、赤芍等中药均可改善肝脏微循环，扩张门静脉降低门静脉压力。