门静脉高压症的治疗从病因下手才是最根本的治疗，比如所有肝内型的病例最好的治疗手段就是肝移植，肝脏的问题解决了，门静脉自然畅通了，门静脉压力也就下来了。没有条件肝移植的病人则已控制肝脏病变进展为主要目的，移植肝炎病毒，减轻肝脏纤维化程度等。而肝后型则要从如何打通肝脏血液流出道方面考虑，如果是布加综合征可以考虑用介入的方法或做布加综合征根治术，缩窄性心包炎部分情况也是能够做手术解决的。肝前型的治疗手段比较少，门静脉本身的病变很难通过手术治好，往往只能对症治疗。
消化道出血的治疗
实际上消化道大出血是门静脉高压症最危险的并发症，由于患者食管和胃底有很多曲张的静脉血管，静脉壁很薄弱压力又高，一旦破裂短时间内病人可以呕出大量鲜血，甚至来不及就医即可能死亡，所以如何治疗和预防消化道出血时门静脉高压症治疗中的重要环节。治疗上首先是抢救生命，包括快速补液、输血和血浆、使用降低门静脉压力的药物和止血药，同时争取进行下列治疗
1.内镜治疗
随着胃镜的广泛开展特别是急诊内镜的临床应用，已经在紧急救治出血的病例中取得了显著疗效，而且由于内镜治疗技术的不断发展，可有效的预防出血。几种常用的方法如下。
(1)硬化疗法
通过在曲张静脉旁黏膜下注射硬化剂使黏膜下静脉周围纤维化，压迫静脉阻断血流。或在曲张静脉内注射硬化剂使静脉血管内形成血栓、静脉管壁增厚闭塞而达到止血目的。
(2)套扎疗法
在直视下应用特制的弹性橡皮圈结扎食管曲张静脉，使黏膜及黏膜下层局部缺血性坏死、静脉闭塞止血。
(3)金属夹止血疗法
在内镜直视下将特制的金属夹钳夹曲张静脉，可迅速消除曲张静脉控制出血。
2.三腔二囊管压迫止血法
是传统的治疗食管胃底静脉曲张破裂出血的压迫止血法，紧急应用局部压迫可起到较好的暂时疗效，但解除压迫后容易再次出血，复发率可达50%～60%，但可为内镜、介入或外科手术治疗创造条件
3.介入治疗
最常用的是经颈静脉肝内门体静脉支架分流术(TIPSS)，这种治疗作用显著，但硬件和技术条件要求较高，操作上有难度，而且长期的效果不甚理想。