(一)单纯病变阶段-初发阶段
是结核病变早期，病变进展缓慢，病变限于锥体及椎旁软组织，骨质破坏较轻，无脓肿或脓肿较小局限于椎旁，大多无脊髓压迫、截瘫等合并症，临床症状较轻，影像学检查常无典型征象(或仅有脊柱序或椎间隙改变)。该阶段病灶区与周围组织的血运尚好，病变发展处于可逆状态，采用常规的非手术治疗多可治愈 ，无需手术干预。
(二)病变发展阶段-合并症阶段
病变进展明显，突破椎体及椎旁，向四周蔓延，病灶区与周围组织的血运逐渐中断，椎体骨质进一步破坏，骨质缺损严重，脊柱稳定性遭受破坏，致椎体塌陷，后突畸形，脊柱侧突凸等发生。影像学检查典型征象。脓肿增大并向远处流注，累计周围组织及器官，并破溃形成窦道和合并感染或破入其他脏器，甚至有脊髓压迫或截瘫等发生，临床症状明显，单纯保守治疗已不足以组织病变的发展，应积极进行手术干预，制止病变的发展。临床上大多患者发现时均属此期。
(三)病变稳定与治愈阶段
病变静止并开始修复，窦道愈合，临床症状轻微;或病变已愈，尚残留一些后遗症状，如脊柱侧凸或后凸畸形、强直、截瘫等。
以上分期在临床中有一定的局限，我们根据病程对脊柱结合进行了新的分期：
(一)活动期
表现发热、盗汗、消瘦、腰背疼痛、僵硬、神经功能障碍、窦道等;
(二)稳定期
脊椎结核病灶已稳定，如没有形成严重后凸畸形，没有神经受压功能障碍，没有脊柱不稳时为临床治愈;如出现后遗症时(如逐渐形成后凸畸形、神经功能障碍和脊柱不稳)需进一步治疗。
治疗的目的就是运用各种方法将活动期的脊椎结核顺利进入稳定期，临床大多数求治的患者大多数是属活动期，约占85%—95%，其中大部分(85%—95%)可以通过微创手术可以进入稳定期。