在临床上男性小便刺痛最可能就是非淋菌性尿道炎，尿道炎是男性生殖系统的感染疾病，主要是因为患者在日常的生活中没有注意卫生而引起的。
男性小便刺痛——尿道炎
尿道刺痛，多是尿道炎征兆，日常男性遇到排尿异常如尿道刺痛症状一定要及早检查诊治，因为炎症细菌可在尿道扩散就会直接影响排尿，这便成为引起尿痛的主要因素之一。
男人小便刺痛是男科常见的一种症状，最明显的是尿道炎造成的小便刺痛。除了小便刺痛，尿道炎还有一些其他的症状，比如有烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频尿道口略微发红。男性尿道炎病原体侵入尿道黏膜后，不断繁殖、破坏邻近正常组织结构引起前列腺炎、精囊炎、附睾炎、睾丸炎。患者晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜口，或裤裆污秽及在小便时会出现尿流分叉的现象。有些患者需要用手用力挤压才能有分泌物从尿道口溢出。症状与淋菌性尿道炎相似，但程度较轻。
尿道炎处理不当危害多
引起其它泌尿系统疾病
患者一旦得病，细菌常隐伏于尿道内，尤其为后尿道并进入尿道隐窝，尿道旁腺，尿道球部，前列腺及精囊部，也可侵入输精管，附睾及睾丸，引起一系列并发症，如膀胱炎、前列腺炎。急性尿道炎处理不当，甚至并发尿道旁脓肿，脓肿破溃可穿透阴茎皮肤成为尿道瘘。
可导致男性不育
因为炎症引起尿道狭窄和尿道口的梗阻，如波及输精管、附睾等时，可导致纤维组织增生、变形、瘢痕形成，造成输精管道阻塞;并发附睾、精囊、前列腺等炎症时，可影响精液质量，使精子成活率及活动力下降。