由于咳嗽是许多疾病的一种非特异性症状，临床上进行确诊时必须详细询问病史、全面查体、做胸部X线或CT、气道反应性测定、肺功能、心电图、纤维支气管镜及一些特殊检查以排除一些可以引起慢性、顽固性咳嗽的其它疾病。
许多疾病伴有咳嗽症状，需要与咳嗽变异性哮喘鉴别的疾病包括COPD、慢性支气管炎、胃食道返流诱发的咳嗽、反复呼吸道感染、典型哮喘、后鼻孔滴漏综合症(PNDS)、支气管内膜结核和血管紧张素转换酶抑制剂诱发的咳嗽等，这些疾病是慢性咳嗽常见病因，在诊断咳嗽变异性哮喘时需要仔细排除这些疾病。此外，慢性心功能不全、食道裂孔疝、高血压病，气道炎症、肿物、异物、以及烟雾刺激、焦虑等都可导致慢性咳嗽。
血栓性咳嗽是最容易被忽略的一种咳嗽，尤其要引起医生和患者的注意，下面举例说明：一位古稀老人久咳不止，服用各种止咳药、抗感染药仍不见好转，去医院进行胸透无发现任何异常。患者自诉最近脾气不好，易发怒，闭眼站立时常全身晃晃悠悠，一侧手动作有些迟缓。医生怀疑脑组织可能患病，经脑断层造影检查后确诊为轻度脑栓塞。用血栓性咳嗽方剂治疗8天后咳嗽停止。
脑栓塞是在脑动脉硬化的基础上形成血栓或由亚急性细菌性心内膜炎脱落的赘生物，阻塞了脑动脉分支，使其所支配的脑组织缺氧、坏死而出现严重全身症状。但近年伴随现代检查技术相继发现有许多老年人存在无症状脑栓塞，主要是细小的血管被阻。人的吞咽反射和咳嗽都通过中枢神经支配，吞咽反应更是一个极其复杂的过程，涉及多方面脑神经。进入老年，吞咽反射和咳嗽反射功能都有所下降，当脑组织出现轻微小栓塞，虽未出现全身症状，但对吞咽反射功能进一步下降，从而在摄食或吞咽唾液时，不能使其干干净净都进入食管，而经常有少量进入呼吸道，又因咳嗽反射功能也迟钝，不能立即咳出，因此长期刺激而引起久咳不止。
基于上述原因，老年人一旦久咳不止，经多方面检查排除与咳嗽有关的各种疾病，则应想到患轻度脑栓塞的可能，应进一步进行脑部检查，一旦发现有栓塞病灶，不论其大小，都应通过改善脑循环药物比如剂治疗，当栓塞部位血液畅通，则咳嗽即可停止。
温馨提示：过敏性咳嗽可发生于任何年龄的小儿，咳嗽反复或持续发作一个月以上。发病并不限于冬春二季，以夜间和早晨发作较多见，运动或哭闹时咳嗽加重。大部分孩子的咳嗽为刺激性咳嗽，有痰液。往往有家族或个人过敏史。大多数患儿在婴儿期有婴儿湿疹和过敏性鼻炎病史。用抗生素和止咳药物治疗无效。