根据临床表现和多导眠记录仪的监护结果即可对这几种类型的睡眠呼吸紊乱做出明确诊断，有时需与其它疾病如肺心病，睡眠呼吸紊乱样现象相鉴别。
需要注意的是尽管健康人REM睡眠时相呼吸较规则，但在睡眠开始时也可见到几分钟的呼吸不稳定时期，到稳定睡眠后就消失。这一时期看到的呼吸暂停不存在呼吸运动，易被误认为CSAS。无症状的健康人也可出现阻塞性睡眠呼吸暂停，但通常每晚少于20次，仅有轻度动脉血氧饱和度降低。如果发生在REM睡眠时相，由于唤醒反应减弱，可导致明显的动脉血氧饱和度下降。
此外，易与睡眠呼吸暂停综合征混淆的呼吸暂停样现象有以下二种：①癫痫 没有紧张阵挛的轻度癫痫也可存在呼吸暂停。如发生在睡眠时或睡眠样的发作后状态可与睡眠呼吸暂停混淆，可借助脑电图鉴别。②陈-施氏呼吸 可见于心输出量减少或循环时间延长的患者，以及影响呼吸中枢的各种神经系统疾病和一些老年人。很难与中枢性呼吸暂停区别，而且两者可并存。但陈-施氏呼吸的呼吸幅度变化缓和，从小到大，然后变小至呼吸暂停，呼吸暂停时间较短。中枢性呼吸暂停倾向于突然发生，常合并唤醒反应，呼吸暂停时间较长，可达60s。此外，陈-施氏 呼吸可持续到清醒状态，而中枢性呼吸暂停在清醒时不出现，并且常在REM睡眠时加重。
慢阻塞性肺病患者睡眠时可伴有明显的呼吸和气体交换功能恶化，主要是严重的动脉血氧饱和度降低及合并短暂特异性呼吸异常，如呼吸暂停和呼吸不足。在REM睡眠时相最明显，其机制尚不清楚，可能与该睡眠时相伴有的呼吸活动异常有关。另外，这些患者清醒时即存在化学通气反应迟钝，睡眠时可进一步加重，减少通气反应。此种情况是否诊断睡眠呼吸紊乱及如何命名尚无一致意见。