慢性肾盂肾炎患者病程较长，较容易反复发作。急性发作的患者应按急性肾盂肾炎治疗，病情反复发作患者则应通过尿细菌培养并确定菌型，明确此次再发是复发或重新感染。慢性肾盂肾炎复发是指治疗后菌株转阴性，但在停药后的6周内再发，且致病菌和先前感染的完全相同，其复发有以下常见原因。
1.尿路解剖上或功能上异常，引起尿流不畅。可通过静脉肾盂造影或逆行肾盂造影明确，如有明显解剖异常情况存在，需手术加以纠正。如果梗阻因素难以解除，则根据药敏选用恰当抗菌药治疗6周。
2.抗菌药选用不当或剂量和疗程不足，常易复发，可按药敏选择用药，治疗4周，常需两种药物联合应用。
3.由于病变部位瘢痕形成，血流量差，病灶内抗菌药浓度不足，可试用较大剂量杀菌类型抗菌药治疗如先锋霉素、氨苄青霉素、羟苄青霉素、乙基因梭霉素等，疗程6周。
另外，肾盂肾炎患者一年内如尿感发作在3次或3次以上又称复发性尿感，可考虑长程低剂量治疗。一般选毒性低的抗菌药物，如复方磺胺甲恶唑或呋喃坦丁每晚一粒，服用1年或更长。