引起肾盂肾炎感染的细菌，多半来自尿路上行感染。当用器械检查或经尿道手术时，细菌便可由体外带入，经尿道上行感染，但更常见的是移居于会阴部的肠道细菌经尿道，膀胱，输尿管至肾脏。尿路梗阻和尿流停滞是急性肾盂肾炎最常见的诱因，尿路在梗阻以上部位扩张和积液，有利于细菌繁殖，引起肾盂肾炎，肾盂肾炎经常是由革兰阴性杆菌所引起，约占70%以上，其中大肠埃希杆菌最为常见，其次是变形杆菌，克雷白杆菌，产气杆菌，铜绿假单胞菌等。
病菌入侵导致尿路感染，急性肾盂肾炎的发病机制与病原菌感染有关，急性肾盂肾炎的致病原因大致分以下几种：
(1)尿路梗阻：各种原因引起的尿路梗阻，如肾及输尿管结石，尿道狭窄，泌尿道肿瘤，前列腺肥大等均可引起尿液潴留，使细菌容易繁殖而产生感染，妊娠子宫压迫输尿管，肾下垂或肾盂积水等均可使尿液排泄不畅而致本病。
(2)泌尿系统畸形或功能异常：如肾发育不全，多囊肾，海绵肾，蹄铁肾，双肾盂或双输尿管畸形及巨大输尿管等，均易使局部组织对细菌抵抗力降低，膀胱输尿管反流使尿液由膀胱反流到肾盂，因而增加了患病机会，神经元性膀胱的排尿功能失常，导致尿潴留和细菌感染。
(3)尿道插管及器械检查：导尿，膀胱镜检查，泌尿道手术均可引起局部黏膜损伤，把前尿道的致病菌带入膀胱或上尿路而致感染，据统计，一次导尿后持续性菌尿的发生率为1%～2%;留置导尿4天以上，则持续性菌尿发生率为90%以上，并有致严重肾盂肾炎和革兰阴性菌败血症的危险。
(4)女性尿路解剖生理特点：女性尿道长度仅3～5cm，直而宽，尿道括约肌弱，细菌易沿尿道口上升至膀胱，同时尿道口与肛门接近，为细菌侵入尿道提供条件，尿道周围的局部刺激，月经期外阴部易受细菌污染，阴道炎，宫颈炎等妇科疾患，妊娠期，产后及性生活时的性激素变化，均可引起阴道，尿道黏膜改变而利于致病菌入侵，故成年女性尿路感染的发生率高于男性8～10倍。
(5)机体抵抗力减弱：全身疾病如糖尿病，高血压，慢性肾脏疾病，慢性腹泻，长期使用肾上腺皮质激素等使机体抵抗力下降，尿路感染的发生率明显增高。
发病机制：
急性肾盂肾炎的感染途径：
上行性感染：最为常见，细菌通过尿道、膀胱、输尿管上行侵入肾脏而感染。尿路梗阻或尿潴留是常见的诱因。
血行性感染：细菌经过血一液而侵入肾脏，如败血症等。
淋巴结运行感染：细菌由输尿管周围的淋巴管侵入’肾J脏。
直接蔓延：肾脏附近的感染灶直接蔓延至肾脏，如肾周围脓肿、腰大肌脓肿等。
另外，尿流不畅、膀胱一输尿道返流、机体低抗力降低、尿路手术或器械操作和性生活等可成为其诱发因素。