隐匿性肾炎的病因目前尚不清楚，一般认为与链球菌、和其他细菌、病毒、原虫等感染。病理改变可显示广泛不同的病理类型，包括微小病变型、系膜增殖性肾炎(包括IGA肾病)、局灶节段性增殖性肾炎，有时类似消散期链球菌感染后肾炎，少数病例可呈较严重的肾小球病变。此外，遗传性肾炎也可以无症状性血尿和(或)蛋白尿起病，因此需做肾活体组织检查才能明确病因。 中医学认为隐匿性肾炎属于尿血、虚劳、腰痛等范畴。其病因常由素体不足，感受外邪以至热毒扰肾、损伤血络或阴虚内热，迫血妄行，皆可导致血尿。蛋白是人体的精微物质，有脾化生，有肾固藏。脾肾气虚，不能固摄，精微不泻，故见蛋白尿，日久可导致气阴两虚，肝肾亏虚，淤血内停，湿浊阻滞而成虚实夹杂之证。
1、感染时隐匿性肾炎的诱因之一，咽炎、扁桃体炎等感染都会引发隐匿性肾炎，感冒则是引发、加重隐匿性肾炎最常见的一种感染。
2、恶劣的外在环境因素如风寒，潮湿等都会造成人体自身的免疫功能和抗病能力的降低。
3、劳累过度造成人体免疫力降低，长期下去会引发隐匿性肾炎。
4、饮食太咸。尤其是某些零食盐分含量过高，例如吃炸薯片、方便面等会让人不知不觉吸收过量的盐分，导致血压升高，肾脏血液不能维持正常流量，从而诱发隐匿性肾炎。
5、经常憋尿。有些人因工作忙而长时间憋尿。尿液在膀胱里太久很容易繁殖细菌，细菌会经输尿管逆行到肾，导致隐匿性肾炎。这类感染一旦反复发作，能引发慢性感染，不易治愈。患者不仅会出现腰酸背痛、尿频尿急等症状，还可能发展成为急性尿毒症。
6、饮水过少。如果长时间不喝水，尿量就会减少，尿液中携带的废物和毒素的浓度就会增加。临床常见的肾结石、肾积水等都和长时间不喝水密切相关。充分喝水可稀释尿液，保护肾脏，有利于充分排出废物和毒素。
7、暴饮暴食。现代人聚餐机会增多，常会吃下过量的“美味”，摄入的食物最终都会产生废物——尿酸及尿素氮等。这些废物大多经过肾脏排出，饮食无度无疑会增加肾脏的负担，有时可致隐匿性肾炎。