有遗传因素和环境因素。家族遗传是常染色体显性遗传所致。由不良疗法性致畸则显得更为重要，如 60 年代初期德语系国家的孕妇在怀孕早期习惯性服用反应停(thalidomide )镇静剂造成大量的肢体畸开， 尤以短指、无指畸形多见。亦有的短指畸形与先天性梅毒和内分泌功能障碍有关。发生机制是在胚胎中期指骨的软骨内骨化受到干扰，骨化生长发生障裱燕丽藻蔺醚短，手指亦短，甚至造成“海豹手”。
近年来随着人类基因组的完成，在基因诊断上亦不断有所突破，国外 2001 年亦成功地阐明了短指症的突变基因，这为人类预防和治疗此病提供了良好的基础。