早期诊断不易，但有肺、骨关节结核等患儿宜反复作尿常规检查，以利早期发现。对于有免疫缺陷、艾滋病毒感染者，伴发结核病的发生率明显增多，宜注意筛查。已有尿频、尿急、尿痛等慢性膀胱炎症时，经抗菌治疗无效者应考虑泌尿系结核病的可能。
1、结核菌素试验，血、尿结核菌DNA检测有助于诊断。清晨尿沉渣作抗酸染色50%～70%可查找到结核杆菌;结核菌培养和动物接种证实有结核菌是可靠的诊断方法。
2、泌尿系结核的X线检查，平片见全肾钙化时，一般可诊断为肾结核，但有此钙化影者在10%以下。
3、静脉尿路造影和逆行肾盂造影有极良好的诊断价值。初期为肾盏边缘不光滑，如虫蛀状，肾盏失去杯形，严重时形成空洞，肾盏肾盂变形。全肾广泛破坏时，肾功能低下以致无功能不显影。
4、逆行尿路造影可显示多数空洞形阴影，输尿管结核可致其僵直，虫蛀状边缘，管腔狭窄，有时见钙化影。膀胱造影能显示其形态，膀胱输尿管反流情况。
5、膀胱镜检查能直观到膀胱粘膜的病理变化，典型者可看见粘膜表面有结核结节形成，或暗红色的大小不等的溃疡面。这些病变多从输尿管口周围开始，很快可蔓延至三角区及其他部位。操作时病变肉芽组织易出血，易误为肿瘤，应取活组织检查确诊。输尿管口僵硬变形移位，有时可观察到管口喷出脓血尿液。这对病变肾定位极有帮助。晚期膀胱结核，其容量明显减少，腔内肉芽易出血，膀胱镜检查时易有穿孔出血等意外，因此宜慎之。
6、CT检查 肾结核在CT上表现为肾实质不规则外形的多房空腔，CT值接近水，往往可见钙化。造影后无明显增强。肾结核晚期肾体积明显缩小，肾功能丧失，多有大量钙化。
7、“B”超检查 能了解肾、膀胱的形态、实质结构，有无积水、钙化等，对病变的筛查极有价值。
鉴别诊断
肾结核常需和泌尿系统非特异性感染、肿瘤、结石等作鉴别诊断。
1.慢性肾盂肾炎
其血尿和尿频尿急尿痛等膀胱刺激症状呈间歇发作，时轻时重。结核则多为持续进行性加重。在男性几乎不存在慢性膀胱炎，女性的慢性膀胱炎常有诱因或原发灶。凡找不到原因的慢性膀胱炎，病程长且有逐渐加重者均应考虑肾结核的可能。
2.肾和膀胱肿瘤 影像学检查易作出诊断。
3.泌尿系统结石病 影像学检查可资鉴别。
4.泌尿系先天畸形 应与重复肾、输尿管、巨输尿管，膀胱憩室，尿道憩室、瓣膜、严重包茎等鉴别。