治疗卵巢早衰关键是早发现、早治疗。治疗的最佳时间是在12个月以内。女性一旦发现自己月经量减少或突然停经，要及时去看医生，切不可拖延，错过治疗的最佳时机。
激素替代治疗
这种治疗方法不仅能缓解因雌激素减少而引起的血管舒缩不稳定症状，而且可以防止性器官萎缩、骨质疏松及因血脂代谢紊乱而引起的心血管疾病。但长期用药时应警惕肝功能损害、血栓形成及乳腺癌、子宫内膜癌的发生，因此应在医生指导下使用。
中药治疗
补肾中药可以调整卵巢早衰，对卵巢有减轻萎缩的作用。此外， 肝郁、脾虚、气血失调也是经闭的重要病机，可以按照中医辨证论治的方法进行治疗。
针灸治疗
现代研究认为，针灸能够调整卵巢的自身功能，使生殖内分泌恢复正常的生理状态。有报道采用针灸治疗卵巢早衰引起的潮热、失眠、烦躁、阴道干涩、性功能减退和生殖器官萎缩等症，结果临床症状减轻，有效率达到89.47%。