肠结核的治疗与肺结核一样，均应强调早期、联合、适量及全程用药。
一、休息与营养
合理的休息与营养应作为治疗结核的基础。活动性肠结核伴有急性渗出、溃疡形成时，应强调卧床休息，减少热量消耗，改善营养，增加机体抗病能力。
活动性肠结核待病情移定后，强调早期进行腹部的按摩、理疗促进肠管蠕动，避免肠管粘连，预防肠梗阻的发生。
二、抗结核药物治疗
抗结核药物选择、用法详见肺结核。一般可分长疗程法与短疗程法：
(一)长疗程法
此系标准疗法，用异菸肼、链霉素两药或加对氨基水扬酸三药联合应用。全程需12-18个月。
(二)短疗程法
疗程缩短至6-9个月其疗效与复发率和长疗程法取得同样满意效果。一般用异菸肼和利福平二种杀菌剂联合，对严重肠结核或伴有严重肠外结核者，宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇三药联合。
此种短疗程法需注意药物对肝脏的损害。可用利福啶代替利福平，每日150mg，毒性似较利福平为低。
三、对症处理
腹痛可用颠茄、阿托品或其它抗胆碱药物。不完全性肠梗阻有时需行胃肠减压，并纠正水、电解质紊乱，加强产营养支持疗法。
四、中医中药治疗
根据病人的具体情况采用中医辩证施治。不完全性肠梗阻需行胃肠减压同时，可以利用承气汤加减进行直肠点滴给药。
手术治疗主要限于完全性肠梗阻，或部分性肠梗阻经内科治疗未见好转者，急性肠穿孔引起粪瘘经保守治疗未见改善者;大量肠道出血经积极抢救未能止血者。