潜伏期3周到8个月，平均3个月，多见于性活跃的青、中年男女，发病高峰年龄为20-25岁，病症过程
平均在3-5个月的男女患者传染性最强，在性接触后不久即发病，而病症过程平均12个月的男性患者，其性接触者可不发病。由于尖锐湿疣初期时不痛不痒，皮疹也不明显，多数患者一般无症状。损害大小及形状不等。可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害：在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感;有恶臭味;有时小的湿疣可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难;直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血，而直肠内大的湿疣则可引起里急后重感。
男性患者好发于包皮系带、冠状沟、包皮、尿道、阴茎、肛门周围和阴囊。病症初期为淡红或污红色粟状大小赘生物，性质柔软，顶端稍尖，逐渐长大或增多。可发展成乳头状或囊状，基底稍宽或有带，表面有颗粒。在肛门部常增大，状如菜花，表面湿润或有出血，在颗粒间常积存有脓液，散发恶臭气味，搔抓后可继发感染。位于湿度较低干燥部位的生殖器疣，损害常小而呈扁平疣状。位于湿热湿润部位的疣常表现为丝状或乳头瘤状，易融合成大的团块。有严重肝病的患者湿疣可增大。妊娠可使湿疣复发或生长加快。临床感染是指临床上肉眼不能辨认的病变，但用3%-5%醋酸液局部外涂或湿敷5-10分钟可在HPV感染区域发白，即所谓“醋酸白现象”。
下列为不同人群的患病表现
男性尖锐湿疣
潜伏期3周到8个月，平均3个月，多见于性活跃的青、中年男性，发病高峰年龄为20-25岁，病程平均在3-5个月的男性患者
女性尖锐湿疣
潜伏期平均为2-3个月，病变发展无自限性。女性尖锐湿疣隐蔽性比男性强
儿童尖锐湿疣
儿童尖锐湿疣临床表现与成年人尖锐湿疣之临床表现无太大区别。儿童尖锐湿疣潜伏期从几周到几年都有，大多数仍在3个月之间。
亚临床感染
绝大多数生殖道肛门HPV感染是亚临床的，组织细胞学方法也仅能检出不到一半，更多的是核酸水平的亚临床感染。组织细胞水平亚临床感染男性可通过醋酸白试验发现，部位主要在阴茎和阴囊;女性可由阴道镜、醋酸白试验、病理、宫颈涂片等方法检测，以宫颈感染最常见，有醋酸白上皮区、阴道前庭乳头瘤、融合型乳头瘤3种主要表现。