男性患者的主诉可有瘙痒，外伤摩擦后出血，以及大的疣体继发感染后有恶臭，尿道内尖锐湿疣通常无症状，但脆性损害可引起血尿，很大的疣体则会引起尿路梗阻，临床常见的损害有丘疹，角化性斑块，乳头样或菜花样赘生物，散在或融合，同一患者常有多种表现(图1～4)，颜色从粉红到灰白色，取决于单个乳头毛细血管的充盈状态，大小不等，质地多数较软，好发部位是冠状沟，包皮，龟头，系带，尿道口，阴茎体，肛周和阴囊，乳头样或菜花样疣主要发生于潮湿部位，如包皮腔，尿道口和肛周，圆形丘疹疣主要位于干燥部位，如阴茎干及有毛的会阴部，颜色可呈肤色或有色素沉着，扁平角化斑块疣无蒂，表面粗糙，略高于皮面，有程度不一的色素沉着，有学者提出明显的棕色或灰色色素沉着提示角化不良，应做活检，已有13例膀胱尖锐湿疣的报道，多数伴发尿道损害，部分患者和使用过免疫抑制剂有关。
女性损害常累及从宫颈到肛门所有鳞状上皮覆盖区域的多个部位，呈多中心病变，严重者可累及宫腔，宫颈湿疣多发生在宫颈移行区内，单发或多发，可融合，有点类似于乳头状上皮增生，但可在半透明的上皮下见到规则的管袢，依靠带放大镜的阴道镜则可以发现约1/3患外阴湿疣的女性有阴道湿疣，阴道湿疣常多发，多见于阴道的上1/3和下1/3部，损害表现为高起，稠密的白色突起，有时呈一凸起无血管分布的角化斑块，阴道湿疣的特点之一是可自发性消退，特别是在宫颈和外阴的病变治疗之后，外阴湿疣最常见，一般为柔软，粉红或灰白色，有血管的无蒂赘生物，表面具有多发的指状突起，初发于潮湿和性交摩擦部位，如阴道口，阴唇，尿道口，处女膜，也可扩散到外阴其他部位或肛周，非黏膜区的湿疣则表现更为角化，类似于寻常疣，女性尖锐湿疣大多数无症状，有时可有瘙痒，疼痛，性交后出血和阴道分泌物。
婴儿和青春期的男女儿童可发生肛周湿疣，女性儿童可有外阴湿疣，其传染性很难判断，是否由于HPV的长期潜伏，性虐待或通过日常用具传播不能确定，国外有mansion88 app 指出，尖锐湿疣是儿童性虐待的标志。
喉部尖锐湿疣大多数病例报告发生在婴儿，主要由HPV6和HPV11引起，病毒传染途径是经胎盘，围生期或生后感染还不清楚;成人喉部尖锐湿疣则和口交有关，巨大尖锐湿疣又称癌样尖锐湿疣，表现为疣体过度增生，类似鳞癌，但组织学示良性病变，与HPV6感染有关，妊娠期尖锐湿疣生长快，脆性增加，应去除;鉴于剖宫产预防新生儿感染价值不明，常规仍应采用阴道分娩，仅在疣体增大到阻塞产道或可能导致大出血时才推荐剖宫产。
亚临床感染：绝大多数生殖道肛门HPV感染是亚临床的，组织细胞学方法也仅能检出不到一半，更多的是核酸水平的亚临床感染，组织细胞水平亚临床感染男性可通过醋酸白试验发现，部位主要在阴茎和阴囊;女性可由阴道镜，醋酸白试验，病理，宫颈涂片等方法检测，以宫颈感染最常见，有醋酸白上皮区，阴道前庭乳头瘤，融合型乳头瘤3种主要表现。