口腔溃疡的中药包括局部用药和全身内服药两大类。 局部用药以散剂为主，例如锡类散、珠黄散、三七粉、青吹口散、西瓜霜、珍珠粉、青黛散等等。
全身内服用药根据主治功能不同又分若干种类。
1、清热解毒类
一清胶囊，清身饮冲剂，金银花露、银翘片，桑菊感冒片等。常用的中草药有藿香、佩兰、蒲公英、白芷、大青叶、板兰根等。主治实火型口腔溃疡;
2、活血化瘀类
丹参片、三七片、小金丹、灯盏花素片等。常用中草药有：丹参、三七、川芎、红花、桃仁、泽兰、当归、首乌等。主治气滞血瘀型口腔溃疡;
3、滋阴类
六味地黄丸，知柏地黄丸、大补阴丸、石斛夜光丸，生脉饮等。常用中草药有生地、玄产、麦冬、玉竹、石斛等。主治阴虚火旺型口腔溃疡;
4、健脾补肾类
金匮肾气丸、苁蓉补肾丸、健脾丸，保和片等。常用中草药有山药、白术、扁豆、山查等。主治脾虚湿困型口腔溃疡;
5、补气补血类
参芪丸，十全大补丸，安神补心丸、凝血糖浆、枣仁丸，云芝糖肽、玉屏风冲剂等。常用中草药有当归、熟地、黄花、党参等。主治气血两虚型口腔溃疡;
6、疏肝理气类
龙胆泻肝丸、加味逍遥丸等等。常用中草药有龙腥草、柴胡、枳壳、延胡索、香附、郁金等。主治肝气郁结型口腔溃疡。
医者和患者可以根据中医辩证“对号入座”。