按照专业性对粘液腺囊肿进行诊断，腮腺、下颌下腺和舌下腺外，在嘴唇、颊黏膜、舌头或者口底有许多分泌唾液的小唾液腺，它们位于薄薄的黏膜下面，都有一个小小的导管分泌唾液到口腔里，量很小，润物细无声，一般是感觉不到的。某种原因导致的导管破裂或者阻塞，小腺体分泌的唾液不能正常的分泌到口腔里，就在原地汇集成一个小泡，一般为绿豆到花生米大小，软软的还有点弹性，半透明，不痛。粘液腺囊肿最好发的部位是下唇和舌尖，这是因为舌体运动常受下前牙摩擦以及自觉或者不自觉的咬下唇的动作而使黏膜下腺体受伤，从而发病。
粘液腺囊肿临床诊断方法
1、有反复发作，口腔粘膜下小的透明小泡状肿物，泡内容物为粘稠的蛋清状液;有局部咬伤史。破裂后流出透明无色粘液史。初次发作者可无此病史。
2、好发于下唇、舌尖、舌下以及颊粘膜，呈淡蓝色柔软状肿块，境界清楚，基底部可活动，有时突出表面呈鱼泡状，一般直径在0.5—lcm左右。
3、大涎腺囊肿：为发病部位处于口腔颌面部相应大涎腺部位，表现为该部位的肿胀及阻塞症状，导管口分泌功能异常。舌下腺囊肿穿刺抽出蛋清状粘稠液;颌下腺及腮腺囊肿穿刺抽出液体较为稀薄;抽出液淀粉酶试验阳性。
4、病理学诊断证实。
粘液腺囊肿和溃疡还是不一样的，首先，长的样子不同。黏液囊肿圆圆胖胖的，而溃疡则是黏膜溃烂，表面黄白色，周边红红的。其次，黏液囊肿一般不疼，而溃疡的疼痛是比较厉害的，尤其是多发性的，深受其害的朋友都有印象，连吃饭都困难。最后，虽然二者看起来都能自己消失，但其实完全不一样。溃疡是真正的愈合了，临床上叫自愈，(临床上可怕的溃疡是不能自愈、还有隆起的溃疡，超过一个月不愈合，而且周边硬硬的溃疡一定要重视)。下次再出现是新发的，一般位置会变化;而囊肿的“消失”只是包没了，不用几天就在同一个位置再次出现，是同一个病变的延续。
粘液腺囊肿除了这些常见的小唾液腺黏液囊肿，还有一种常见于青少年的唾液腺囊肿，就是舌下腺囊肿。最典型的舌下腺囊肿是位于口底(舌头下面)，它是舌下腺发生的囊肿，原因一样，也是导管破裂或者阻塞。不过，舌下腺囊肿大很多，有时候可以扩展到对侧，能把舌头抬起来。摸上去软软的，和小唾液腺囊肿一样，破溃后流出较多的蛋清样黏液，几天后，创口愈合，囊肿又长大如初。小唾液腺黏液囊肿的治疗目前多采用手术治疗，因为囊肿位于黏膜下，肌肉层之上，比较表浅，手术难度和风险都不大。只要患者能够配合，一般都能在门诊完成。