多数良性甲状腺结节仅需定期随访，无需特殊治疗。少数情况下，可选择手术治疗、TSH抑制治疗、放射性碘(radioiodine, RAI)即131I治疗，或者其他治疗手段。
良性甲状腺结节的手术原则为：在彻底切除甲状腺结节的同时，尽量保留正常甲状腺组织。建议慎重使用全/近全甲状腺切除术式。后者的适应证为：结节弥漫性分布于双侧甲状腺，导致术中难以保留较多正常甲状腺组织。术中应注意保护甲状旁腺和喉返神经。
良性甲状腺结节
考虑手术治疗甲状腺结节情况
①出现与结节明显相关的局部压迫症状;
②合并甲状腺功能亢进，内科治疗无效者;
③肿物位于胸骨后或纵隔内;
④结节进行性生长，临床考虑有恶变倾向或合并甲状腺癌高危因素。因外观或思想顾虑过重影响正常生活而强烈要求手术者，可作为手术的相对适应证。
内镜甲状腺手术因其良好的术后外观效果，可作为良性甲状腺结节的手术手段之一。手术径路包括胸骨切迹上径路、锁骨下径路、前胸壁径路、腋窝径路和其他径路。建议选择手术径路时，应尽量减少创伤，并且避免非I类切口入路。
手术治疗后，应观察手术并发症(如出血、感染、喉返神经损伤、甲状旁腺损伤等)的发生情况。如果术者有丰富的甲状腺手术经验，并发症的发生率会明显降低。由于切除了部分或全部甲状腺组织，患者术后有可能发生不同程度的甲状腺功能减退(甲减)，伴有高滴度甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)和/或甲状腺球蛋白抗体(TgAb)者更易发生甲减。接受甲状腺全切术者，术后即应开始左甲状腺素(L-T4)替代治疗，此后定期监测甲状腺功能，保持TSH水平在正常范围;保留部分甲状腺者，术后也应定期监测甲状腺功能，如监测中发现甲减，要及时给予L-T4替代治疗。良性甲状腺结节术后，不建议采用TSH抑制治疗来预防结节再发