脊柱结核需要和很多其他疾病相鉴别，如强直性脊柱炎、腰椎间盘突出、髋关节周围疾病、胆囊炎等，但在临床上，某些疾病与其鉴别比较困难。
1)脊椎化脓性炎症
发病前，病人多有皮肤等其他部位感染的征象，多骤起、体温高，中毒症状明显。X线摄片椎体可见骨质破坏，椎间变窄，常有死骨形成，多无脓肿形成。
2)扁平椎体
多见儿童，表现背痛、后凸畸形、脊柱运动受限，无全身症状，本病常见的有椎体嗜酸性肉芽肿和骨软骨病。X线摄片显示椎体呈楔形变，可残留一薄片，而相邻椎间隙正常，椎旁两侧少见脓肿阴影。
3)脊椎肿瘤
在中心型椎体结核椎，椎间隙多无明显改变;而某些生长缓慢的肿瘤如脊索瘤和恶性淋巴瘤等却可显示不同程度椎间狭窄。通常椎体结核病例，椎旁阴影扩大多为双侧，而脊椎肿瘤如椎体骨巨细胞瘤、脊索瘤、恶性淋巴瘤和肾癌脊椎转移等，在正位X线摄片上多为单侧扩大椎旁阴影。