子宫内膜异位症治疗前尽可能明确诊断，并考虑患者年龄，对生育要求、病情严重程度、症状及病灶范围，加以全面考虑。一般西医治疗方法如下：
1、药物治疗
也就是激素疗法，通过药理刺激体内激素分泌。因为异位内膜对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗已成为本病的重要治疗方法。性激素治疗主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。经过性激素治疗后约有85%的病人的症状可缓解，也有的病人经治疗后妊娠。
2、手术治疗
根治性手术即将两侧卵巢和子宫全部切除，这对年轻和未生育的妇女是极其残酷的，所引起的并发症、后遗症给患者身心造成一定的痛苦，术后会发生绝经期综合症。保守性手术将病变部位局部切除、剥离、剔除，但由于该病粘连很重，往往手术不彻底，如已经异位到骶韧带，侵润到直肠的异位病灶电灼后，复发率高。
3、放射治疗
放射治疗子宫内膜异位症的作用，在于破坏卵巢组织，从而消除卵巢激素的影响，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。放射线对异位的内膜破坏作用并不明显，但对既不能耐受激素治疗又因病灶位于肠道、泌尿道及广泛盆腔粘连，尤其是合并心、肺或肾等严重疾病，本人又十分惧怕手术的个别患者，也可采用体外放疗，破坏卵巢功能，达到治疗目的。即便个别接受放疗者，必须先明确诊断，特别是不能将恶性卵巢肿瘤误诊为子宫内膜囊肿，以至错治而延误正确治疗。