非细菌性前列腺炎病因十分复杂，在非细菌性前列腺炎的前列腺分泌物中有异常数量的炎症细胞，但细菌培养或其它方法均不能发现致病菌。曾试图证实某些非常见的病原体(如专性厌氧菌、支原体、衣原体，或其它原虫、病毒等)是非细菌性前列腺炎的病因，但未获成功。
多数学者认为其主要病因可能是病原体感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动和免疫异常等共同作用结果。
1.病原体感染
本型患者虽然常规细菌检查未能分离出病原体，但可能仍然与某些特殊病原体：如厌氧菌、L型变形菌、纳米细菌、或沙眼衣原体、支原体等感染有关。
2.排尿功能障碍
某些因素引起尿道括约肌过度收缩，导致膀胱出口梗阻与残余尿形成，造成尿液反流入前列腺，不仅可将病原体带入前列腺，也可直接刺激前列腺，诱发无菌的“化学性前列腺炎”。
3.精神心理因素
经久不愈的前列腺炎患者中一半以上存在明显的精神心理因素和人格特征改变。如：焦虑、压抑、疑病症、癔病，甚至自杀倾向。这些精神、心理因素的变化可引起植物神经功能紊乱，造成后尿道神经肌肉功能失调，导致骨盆区域疼痛及排尿功能失调;或引起下丘脑-垂体-性腺轴功能变化而影响性功能，进一步加重症状，消除精神紧张可使症状缓解或痊愈。但目前还不清楚精神心理改变是其直接原因，还是继发表现。
4.免疫反应异常
近年研究显示免疫因素在慢性非细菌性前列腺炎的发生发展和病程演变中发挥着非常重要的作用。
5.氧化应激
前列腺炎患者氧自由基的产生过多或/和自由基的清除体系作用相对降低，从而使机体抗氧化应激作用的反应能力降低、氧化应激作用产物或/和副产物增加。
6.盆腔相关疾病因素
间质性膀胱炎是可能的病因，前列腺外周带静脉丛扩张、痔、精索静脉曲张等是造成慢性前列腺炎久治不愈的原因之一。
温馨提示：诸多猜测认为支原体与非细菌性前列腺炎有关，但无充分的证据经细菌学和血清学试验表明它们之间也无明显的因果关系。某些研究人员认为非细菌性前列腺炎是一种免疫性疾病，仅在排除其它特异性前列腺炎后才能确定非细菌性前列腺炎的诊断。