自闭症的治疗原则是治疗年龄越小，改善程度越明显，目前尚没有特效药用来治疗自闭症，但下列药物具有改善症状的作用，包括：
1、抗精神病药
常用氟哌啶醇、硫利哒嗪、舒必利。前两者可减轻多动、冲动、自语、自伤和刻板行为，稳定患儿情绪;舒必利则可改善孤僻、退缩，使患儿活跃、言语量增多，并改善情绪。以上药物均需从小量开始服用，根据症状改善情况和药物不良反应逐渐加量。目前尚有报道利培酮、奥氮平、喹硫平、阿立哌唑也可改善该症的部分症状，但此方面有待于进一步研究和探讨。
2、抗抑郁药
该类药可改善该症的刻板重复行为，改善情绪，并缓解强迫症状。可选用氯丙帕明、舍曲林、氟伏沙明等。该类药也应从小量开始服用，根据症状改善情况和药物不良反应逐渐加量。
3、中枢兴奋药或可乐定适用于伴有注意障碍及多动症状的患儿。
4、改善和促进脑细胞功能药同精神发育迟滞中有关内容。
5、维生素B6和镁剂有研究报道大剂量维生素B6和镁剂可能改善该症的部分症状，但此方面有待于进一步研究和确定。