1、中枢疾病因素
由于，下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱，引起月经失调，如无排卵性月经，闭经等。垂体肿瘤引起卵巢功能失调而致不孕，精神因素如过度紧张、焦虑对丘脑下部-垂体-卵巢轴可产生影响，抑制排卵。
2、卵巢早衰
卵巢功能障碍导致不排卵的常见疾病为卵巢早衰。出生时卵巢大约有100万~200万个始基卵泡，而在青春期大约有40万个卵泡。每个排卵周期均会消耗一批卵泡。卵巢早衰是指卵巢内的卵泡已消耗完，不可能再用促排卵药物使卵泡发育。
3、多囊卵巢综合征
多囊卵巢综合征也是一种常见的排卵障碍。其病因比较复杂，除了不排卵导致闭经或月经不调外，还可能出现多毛、肥胖、痤疮等体征。其卵巢的特点为多个小卵泡但却不能发育成熟，因此需要通过科学治疗来促卵泡发育。
4、垂体问题
导致排卵障碍的常见疾病有高泌乳素血症、垂体泌乳素瘤和希罕氏综合征等。如果激素测定显示泌乳素增高，首先要弄清有无垂体泌乳素瘤，如果因垂体瘤引起闭经泌乳，则应根据瘤体大小决定是否手术或药物治疗。