炎症性肠病的病因和发病机制尚未完全明确，已知肠道粘膜免疫系统异常反应所导致的炎症过程在炎症性肠病发病中起重要作用，目前认为这是由多因素相互作用所致，主要包括遗传、感染、环境和免疫因素。
一、遗传因素
炎症性肠病发病的另一个重要现象是IBD患者一级亲属发病率显著高于普通人群，而患者的配偶发病率不增加。
二、感染因素
微生物在炎症性肠病发病中的作用一直受到重视，但至今尚未找到某一特异微生物病原与IBD有恒定关系。有研究认为副结核分枝杆菌及麻疹病毒与CD有关，但证据尚缺乏说服力。
三、环境因素
近几十年来，炎症性肠病的发病率持续增高，这一现象首先出现在社会经济高度发达的北美、北欧，继而是西欧、南欧，最近才是日本、南美。这一现象提示环境因素的变化在IBD发病中起重要作用。流行病学研究提出不少与IBD相关的环境因素，其中可以肯定的是吸烟与CD恶化有关，相反对UC可能有保护作用。看来很难以单一或几个环境因素来解释这一现象。
有一个正在逐渐被接受的假说认为：环境变得越来越清洁，则儿童期肠道免疫系统接受的外源刺激减弱，由于早年形成的“免疫耐受”不完善，其后对肠道抗原刺激发生的免疫反应的自身调节就容易发生障碍。
四、免疫因素
1、炎症性肠病免疫反应的激活有多种假说
肠道特异性微生物抗原学说及针对肠上皮细胞的自身免疫学说尚缺乏证据。近年比较普遍被接受的学说认为，IBD患者存在“免疫耐受”缺失，因而对正常肠道抗原(食物或微生物)发生异常免疫反应。正常情况下，肠道粘膜固有层存在低度的慢性炎症，可能是对肠腔内大量抗原性物质的适应性反应。IBD患者由于免疫调节障碍，这种免疫反应不能被正常抑制，最终导致过度激活和难于自限。
2、炎症性肠病肠道粘膜的免疫反应和炎症过程的具体途径
近年的研究对这一途径的细胞及分子生物学机制已有了比较深入的了解。根据对所产生细胞因子类型的研究，已认识到CD是一种典型的Th1型反应，而UC则是一种非典型的Th1型反应。除免疫细胞外，肠道粘膜的非免疫细胞如上皮细胞、血管内皮细胞和间质细胞等亦参与免疫反应和炎症过程，他们之间相互作用从而释放出各种细胞因子及炎症介质导致肠道炎症的发生和发展。在这一过程中还有许多参与炎症损害的物质如反应性氧代谢产物、一氧化氮等。
炎症性肠病病因和发病机制可概括为：环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌丛(或者目前尚未明确的特异性微生物)的参与下，启动了肠道免疫及非免疫系统，最终导致免疫反应和炎症过程，可能由于免疫调节紊乱这种免疫炎症反应表现为过度亢进和难于自限。