肉眼检查：依据典型皮损形态进行判断
分子生物学检查：用PCR方法检测人乳头状病毒(HPV)。
细胞学检查：一般适用于女性阴道内病变，取阴道宫颈等组织涂片，做巴氏染色，可见到空泡化细胞及角化不良细胞。
辅助检查(实验室检查)：根据皮疹特点、发病部位，结合病史一般诊断不难。必要时可做醋酸白试验、细胞学检查、组织病理学检查协助诊断。
组织病理学活检：镜下主要可见有假上皮瘤样增生，颗粒层和棘细胞上部有明显空泡变性;有真皮水肿，毛细血管扩张，周围中等度慢性炎性细胞浸润。其特征性病理变化是空泡状细胞。
醋酸白试验： 即用5%醋酸溶液外搽或湿敷患处，3~5分钟后，病灶局部变白且境界清楚者为阳性。其机制可能是被HPV感染的上皮细胞角蛋白在上皮内表达增加，易被醋酸凝固而发白。临床实践中，少数大型医院已经将醋酸白试验作为尖锐湿疣常规必需要做的检查，其目的一方面是为了诊断，另一方面是为了标示临床感染及亚临床感染病灶，有一定的定位功能，以尽可能彻底地清除病灶。但在大部分医院不作为常规使用。
光动力定位诊断：是尖锐湿疣诊断的最前沿进展，其基本原理是利用短波长的激发光，激发蓄积光敏剂的病灶细胞产生红光，从而与正常组织相区别。操作时先用10~20%的盐酸氨酮戊酸水溶液湿敷患处，2-4小时后用短波长的光(一般采用400-410nm的波长)照射，病灶部位就会呈红色。其优点是不但能够显示临床病灶及亚临床感染，还能够显示潜伏感染部位，因而，其意义不仅在于诊断，还有定位指导临床治疗的意义。
鉴别诊断：以下疾病在皮损的状态上与尖锐湿疣有相似之处，容易造成临床误诊，需要与尖锐湿疣鉴别。
1，皮脂腺异位症：发生于阴茎龟头、阴唇粘膜的针头大小、孤立、无重叠生长的黄白色小丘疹，无自觉症状。
2，扁平湿疣： 为二期梅毒的一种表现，皮损为浸润、光滑的扁平状隆起，无蒂，损害内可查到梅毒螺旋体，梅毒血清学反应阳性。
3，阴茎珍珠状丘疹病：青壮年多见，表现为沿冠状沟排列的珍珠状、白色或淡红色的圆锥状、球形或不规则的半透明丘疹，互不融合，无自觉症状。
4，生殖器癌：多见于中年后，呈外向性生长向深部浸润明显，可形成溃疡并发感染，性质坚硬，易出血，有恶臭，组织病理可见细胞间变、无空泡细胞。
5，鲍温样丘疹病：本病为原位癌，主要与HPV16感染有关。表现为多发性暗红色或棕红色小丘疹，散在分布或群集排列成线状或环状，发展缓慢，组织学上类似鲍温病样改变。
6，假性湿疣(又称绒毛状小阴唇)：青年女性小阴唇内侧出现群集不融合的鱼卵样小丘疹，部分呈绒毛状，粘膜色或淡红色，表面光滑无自觉症状，触之有颗粒感或柔软感，多有白带增多等症状，与长期阴道分泌物刺激有关。组织病理变化为慢性炎症表现，缺乏特异性空泡细胞等改变。醋酸白试验阴性。
以上病变有些是比较严重的疾病，比如生殖器癌、鲍温样丘疹病，按照临床的诊疗常规是需要首先进行排除的;有些是全身疾病的局部表现，比如扁平湿疣，如果误诊会错过治疗时机而造成严重后果;而有些病变属于良性病变亦不属于性传播性疾病，不需要特殊的处理，如假性湿疣等，但是有些个体诊所为了追求经济利益，隐瞒患者真实的病情，给患者造成极大的心理负担和经济负担，有的患者在个体诊所花费数万甚至十数万治疗所谓的“花柳病”。但是这样的疾病在正规医院经过常规治疗会获得很好的预后，费用也不会如此惊人。