在临床上，有很多疾病容易与尖锐湿疣相混淆，从而导致误诊的时而发生，这样当然不会治愈，只会给患者加重身心上的痛苦和经济负担，是一种极为不负责任的体现。只有搞清楚哪些疾病与尖锐湿疣易混淆，在诊治过程中加强警惕，才能尽快走上治疗正规，获得康复。
易于湿疣混淆的十种疾病
1、假性湿疣。对于女性来说，假性湿疣（假性湿疣【译】：又称绒毛状小阴唇，发生部位在小阴唇的内侧粘膜上，像两团鱼子一样长在小阴唇内侧。）与尖锐湿疣的位置是不同的，假性湿疣主要发生于两侧小阴唇内侧，且多对称发生;尖锐湿疣主要发生在阴道口等部位，可多处发生，非对称性。假性湿疣与尖锐湿疣的损害特征也存在着诸多不同，假性湿疣损害为鱼子状、乳头状、绒毛状，表面光滑，群集分布，互不融合，随时间延长无增大趋势;尖锐湿疣多为菜花状、丘疹状，表面不平，单发和多发，可互相融合，摩擦损害易出血，随时间延长，损害逐渐增多增大。
2、扁平湿疣：病损比尖锐湿疣宽而扁，为成簇的扁平丘疹。暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒反应强阳性。
3、传染性软疣：皮疹为米粒到豌豆大的半球形丘疹，中心微凹，表面有蜡样光泽，呈灰色或珍珠色，在疣顶端中央抓破后可挤出白色乳酪样物资，称软疣小体。常发生于躯干或四肢，也可见于肛周、生殖器部位。
4、生殖器鳞癌，该病主要发病于中老年人群，多为在生殖器官部位出现有病理组织的溃疡组织等。
5、生殖器鲍温样丘疹病：生殖器部位多发怦棕红铂小丘疹。临床上像尖锐湿疣，但组织病理学上类似鲍温病的变化。
6、系带旁腺增生：包皮系带两侧成对排列的皮色或淡红色丘疹，基底不窄，粟粒或针头大，无明显的自觉症状。
7、鲍温样丘疹病，该病早期发病症状比较明显，有瘙痒症状，并在生殖器官部位出现棕红色的丘疹，用肉眼可分辨异型鳞状细胞及类似原位癌的组织象。
8、珍珠样阴茎丘疹病： 阴茎冠状沟有平等排列的与丝状疣相似的病损，组织病理检查仅见肥大的乳头，其中覆以正常表皮。
9、阴茎或外阴鳞状细胞癌：肿瘤向下浸润明显，可固定于其下的组织，可形成溃疡并发感染，局部淋巴结受累。组织病理可鉴别。
10、皮脂腺异位病：为皮脂腺的异位发育和增生，生殖部位可发生。多见于包皮内侧皱襞、龟头及小阴唇，为多数淡黄色颗粒，微高起，直径为1～2毫米，无自觉症状。
温馨提示：从临床上大多数患者来看，除特殊情况外，尖锐湿疣复发与治愈的时间是按患处症状消退期开始计算的，若在半年内尖锐湿疣反复发生则为尖锐湿疣复发或未治愈，若超过半年尖锐湿疣未复发则表示临床治愈，半年后再发生尖锐湿疣者可能多为再次hpv感染所致。