尖锐湿疣可以并发恶性变，流行病学资料表明，尖锐湿疣与生殖器癌之间有密切关联，有报道说明5%~10%的外阴，宫颈，肛周湿疣经过较长时期后可出现癌变和发展为原位癌和浸润癌，还发现15%阴茎癌，5%女性外阴癌是在原有尖锐湿疣的基础上发生的，许多实验研究也证明HPV，尖锐湿疣和生殖器癌三者之间是存在着因果关系的。
尖锐湿疣应与下列疾病想鉴别：
1.绒毛状小阴唇又名假性湿疣，好发于年轻女性的小阴唇内侧，阴道前庭和尿道口周围，呈对称密集分布的直径1～2mm白色或淡红色小丘疹，表面光滑，有些可呈绒毛状，鱼子状或息肉状，无明显自觉症状，偶有瘙痒，醋酸白试验阴性。
2.珍珠状阴茎丘疹皮疹位于龟头的冠状沟缘部位，可见珍珠状，圆锥状或不规则形的白色，黄白色或肤色丘疹，可为半透明，表面光滑，质较硬，丘疹间彼此互不融合，沿冠状沟规则地排列成一至数行，醋酸白试验阴性。
3.皮脂腺异位症龟头，包皮内或小阴唇等部位可见粟粒大小，孤立而稍隆起，成群或成片的黄白色或淡黄色丘疹，无自觉症状，组织学特征为每个丘疹均由一组小的成熟的皮脂腺小叶组成，小叶包绕皮脂腺导管，醋酸白试验阴性。
4.阴茎系带旁丘疹性纤维瘤为对称发生于阴茎系带两旁的白色或黄白色的粟粒大小的丘疹，单个或数枚，质软，表面光滑，互不融合，根据病史以及醋酸白试验阴性可与尖锐湿疣鉴别。
5.光泽苔藓为发生于阴茎干部位的，发亮的多角形或圆形的平顶丘疹，针尖至粟粒大小，可密集分布但互不融合，其病理学改变具有特征性。
6.扁平湿疣属二期梅毒疹，为发生于生殖器部位的丘疹或斑块，表面扁平而潮湿，也可呈颗粒状或菜花状，暗视野检查可查到梅毒螺旋体，梅毒血清学反应阳性。
7.鲍温样丘疹病皮损为灰褐色或红褐色扁平丘疹，大多为多发，呈圆形或不规则形，丘疹表面可呈天鹅绒样外观，或轻度角化呈疣状，男性多好发于阴茎，阴囊和龟头，女性好发于小阴唇及肛周，一般无自觉症状，组织病理学检查有助于鉴别。
8.汗管瘤表现为小而硬固的肤色或棕褐色丘疹，直径约数毫米，多发，通常无自觉症状，组织病理学检查可确诊。
9.生殖器鳞状细胞癌多见于40岁以上者，损害为肿块或斑块，浸润明显，质坚硬，易出血，常形成溃疡，组织病理学检查可确诊。
10.假性湿疣：损害为局限于小阴唇的粟粒大呈鱼卵状淡红色小丘疹或绒毛状改变，皮损表面光滑，醋酸白试验阴性，病理上无具有诊断意义的凹空细胞。