尖锐湿疣的典型病例，肉眼可作出诊断。外阴有尖锐湿疣者，应仔细检查阴道及宫颈以免漏诊。对体征不典型者，则需进行辅助检查以确诊。主要辅助检查有以下几种。
1.细胞学检查
可见到挖空细胞，表现为中层细胞核大，有时可见到双核，核深染，核周有大空泡，虽然挖空细胞的特异性较高，但挖空细胞的检出率较低。
2.阴道镜检查
阴道镜检查对发现宫颈病变颇有帮助。典型病灶表现为每个乳头状突起的半透明表皮下都有中央血管袢。宫颈涂以3%醋酸后，可见移行区内外鳞状上皮呈白色斑块，襄面隆起不平或为小乳头指样突起，有中央毛细血管，也可表现为点状血管呈花坛状或呈细小镶嵌排列。
3.病理组织学检查
尖锐湿疣镜下呈外向性生长，增生的乳头小而密集，表层细胞有角化不全或过度角化;棘细胞层高度增生，有挖空细胞出现，为HPV感染的特征性改变;基底细胞增生，真皮水肿，毛细血管扩张，周围有慢性炎细胞浸润。
4.聚合酶链反应-PCR)
PCR方法简便、快速、敏感性高，特异性强。可检测极微量HPV DNA，不仅可确诊是否为HPV感染，且能确定HPV类型。注意取新鲜病变表面的刮取物或病变组织以提高阳性率。
5.核酸DNA探针杂交
以原位杂交应用较多。原位杂交是直接在组织切片或细胞涂片上进行杂交反应，通过光镜检查。此法有助于对组织学可疑病变的鉴别。