妊娠期甲亢的治疗首选ATD。PTU和MMI均能有效控制甲亢，然而文献上多推荐 PTU。其理由为：⑴PTU与蛋白结合量大，通过胎盘慢，优于MMI。⑵妊娠期服用PTU新生儿的先天性畸形头皮缺损较服用MMI者罕见。
早在1980年Momotani就认为新生儿畸型头皮缺损与MMI无关。 1997年Momotani等观察发现：胎儿FT4和TSH平均水平、低FT4和高TSH的发生率在使用PTU与MMI间无明显差别。也证明PTU和MMI在致胎儿甲减方面无差异，从而认为胎儿在子宫内无论暴露于PTU或MMI，在智力、体力、发育及甲状腺功能方面均无不同。
对症状较微、体重增加、FT4轻度上升者可不予治疗，随访观察。甲亢明显者，PTU开始剂量为50-100mg Q8h.或MMI15-20mg/日，治疗开始每2周诊治一次，如临床需要每2-4周测定血清FT4一次以便调整ATD的剂量。血清FT3与脐带FT3浓度无相关。在ATD治疗开始血清FT4先于FT3恢复正常，而且血清FT4浓度与脐带FT4相关。FT4水平回恢复正常后，TSH要在数周或数月才恢复正常，因此，在治疗最初2个月毋需测定血清TSH值，在FT4恢复正常后药量可减半，以后以小剂量维持FT4在正常值范围上1/3。
在心动过速时可暂时应用ß-受体阻滞剂心得安但不宜长期应用。该药可使子宫收缩引起早产，并通过胎盘，使胎儿发育不良，心动过缓，新生儿呼吸抑制等不良反应。
哺乳期甲亢可服用PTU每日200-300mg，不会使乳汁内PTU浓度升高影响新生儿的甲状腺功能。而MMI在乳汁内浓度较高不宜应用。