慢性淋巴细胞性甲状腺炎患者一般在临床中只要具有典型CLT临床表现(中年女性，甲状腺轻度肿大，质地韧)，血清TGAb、TPOAb阳性即可临床诊断为CLT。对临床表现不典型者，需要有高滴度的抗甲状腺抗体测定方能诊断。
一、慢性淋巴细胞性甲状腺炎的检查
1.甲状腺功能测定
血清T3、T4、FT3、FT4一般正常或偏低。
2.血清TSH浓度测定
血清TSH水平可反应病人的代谢状态，一般甲状腺功能正常者的TSH正常，甲减时则升高。但有些血清T3、T4正常病人的TSH也可升高，可能是由于甲状腺功能轻度不全而出现代偿性TSH升高，以维持正常甲状腺功能，我们将甲状腺激素正常，但TSH轻度升高的患者称为“亚临床甲减”。近年来关于亚临床型甲减的报道越来越多，诊断亚临床甲减的指标是TSH水平升高，多数不超过20mU/L。
3.131碘吸收率检查
可低于正常，也可高于正常，多数患者在正常水平。
4.抗甲状腺抗体测定
抗甲状腺球蛋白抗体(TGAb)和抗甲状腺微粒体抗体(TMAb)测定有助于诊断CLT，近年已证明TPO(过氧化物酶)是过去认为的TMAb的抗原，能固定补体，有“细胞毒”作用，并证实TPOAb通过激活补体、抗体依赖细胞介导的细胞毒作用和致敏T细胞杀伤作用等机制引起甲状腺滤泡细胞的损伤。
5.过氯酸钾排泌试验阳性，碘释放率>10%
6.细胞学检查
细针穿刺抽吸细胞学检查(FNAC)和组织冰冻切片组织学检查对于确诊CLT有决定性的作用，CLT在镜下可呈弥漫性实质萎缩，淋巴细胞浸润及纤维化，甲状腺细胞略增大呈嗜酸性染色，即Hurthle细胞。
二、慢性淋巴细胞性甲状腺炎的鉴别诊断
1.结节性甲状腺肿
少数CLT患者可出现甲状腺结节样变，甚至多个结节产生。但结节性甲状腺肿患者的甲状腺自身抗体滴度减低或正常，甲状腺功能通常正常，临床少见甲减。
2.Graves病
肿大的甲状腺质地通常较软，抗甲状腺抗体滴度较低，但也有滴度高者，二者较难区别，如果血清TRAb阳性，或伴有甲状腺相关性眼病，或伴有胫前黏液性水肿，对诊断Graves病十分有利,必要时可行细针穿刺细胞学检查。
3.甲状腺恶性肿瘤
CLT可合并甲状腺恶性肿瘤，如甲状腺乳头状癌和淋巴瘤。CLT出现结节样变时，如结节孤立、质地较硬时，难与甲状腺癌鉴别,应检测抗甲状腺抗体，甲状腺癌病例的抗体滴度一般正常，甲状腺功能也正常。如临床难以诊断，应作FNAC或手术切除活检以明确诊断。
4.慢性侵袭性纤维性甲状腺炎
又称为木样甲状腺炎。病变常超出甲状腺范围，侵袭周围组织，产生邻近器官的压迫症状，如吞咽困难，呼吸困难、声嘶等。