脑外伤后遗症的病因主要有以下几点：
1、脑外伤后脑组织内点状出血、脑水肿，继之出现脑内小软化灶和退行性改变。显微镜下可见神经细胞的异常变化，轴突及髓鞘变性或坏死。神经放射学检查可观察到脑沟增宽、脑室轻度扩大。这些变化可能导致脑细胞功能的减退。
2、心理因素：一般说来，妇女和非技术工人易患脑振荡后综合征，这些人在脑外伤早期就有心理应激，其症状反映对意外的焦虑，对疾病和脑结构可能损伤的恐惧。其他的原因如下：
3、素质因素：Denker(1958,1960)对63对单卵双生和81对双卵双生进行研究，发现随访3-25年(平均10年)，受伤的一方在脑振荡后综合征的发生上，素质因素所起在的作用较器质因素明显。
4、脑外伤后遗症的发病原因年龄，脑动脉硬化，酒精中毒，心力素质，人格特征，既往精神病史，既往的心理社会困难(家庭的，经济的，职业的)，最近生活事件等。受伤时意识丧失时间，外伤后遗忘情况，其他躯体损伤情况，对精神的创伤和意义，受伤环境等因素。