临床表现为长期慢性、或反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等症，重者可有黏液便或水样便。
腹泻程度轻重不一，轻者每日排便3～4次，或腹泻便秘交替出现;重者可每1～2小时一次，甚至出现大便失禁。部分患者可有夜间腹泻和(或)餐后腹泻。直肠严重受累时，可出现里急后重感。粪质多呈糊状，混有大量黏液，常带脓血。
部分患者便鲜血，其病变限于直肠，称出血性直肠炎，血液或大便分开排出，或附着于正常或燥粪表面，常被误认为是痔出血。直肠炎患者亦常排黏液血便，甚至出现大便失禁。病变若扩展至直肠以上，血液往往与粪便混合或出现血性腹泻。
查体可见脐周或下腹部轻度压痛、肠鸣音亢进、脱肛。
一、慢性肠炎的症状
1.体征发面
患者的腹部会出现长期的不适或者在少腹部会有隐痛发生，查体时会发现以肚脐周围和少腹部及腹部为主。
2.全身症状
患者会有精神不振面色不华以及不愿说话、四肢无力等症状表现。还可能出现怕冷，如果是在急性炎症期，还会发生失水或者是酸中毒后者发热，甚至还可能出现休克出血。
3便血
程度较轻的可能是血液附在表面，严重的会出现鲜血下流，这很容易导致患者出现休克。
4.消化道症状
常呈现间断性腹部隐痛、腹胀、腹痛、腹泻为本病主要表现。遇冷、进油腻之物或遇情绪波动、或劳累后尤着。大便次数增加，日行几次或数十余次，肛门下坠，大便不爽。慢性肠炎急性发作时，可见高热、腹部绞痛、恶心呕吐、大便急迫如水或粘冻血便。
5. 腹泻
该病出现的最主要的症状就是腹泻了，一般还是反复发作或者持续得不到治愈。情况较轻时一般每天会出现两到五次，一般大便都是带有黏液和脓血。
二、慢性肠炎的并发症
1.肠穿孔
肠穿孔多为中毒性肠扩张的并发症，也可出现严重型，多发生于左半结肠，皮质激素的应用被认为是肠穿孔的一个危险因素。
2.中毒性肠扩张
中毒性肠扩张临床表现为病情迅速恶化，中毒症状明显，伴有腹泻、腹部压痛和反跳痛，肠鸣音减弱或消失，白细胞数增多，易并发肠穿孔。
3.肠狭窄
肠狭窄多发生在病变广泛、病程持续长达5-25年以上的病例，其部位多见于左半结肠，乙状结肠或直肠，临床上一般无症状，严重时可引起肠阻塞，在本病出现肠狭窄时，要警惕肿瘤，鉴别良性恶性。
4.结肠癌
慢性肠炎大约有5%病例发生癌变，多见于病变累及全结肠，幼年起病和病史超过10年者。