脊髓空洞症一般治疗采用神经营养药物，过去曾试用放射治疗，但疗效皆不确切。鉴于本病为缓慢进展性，以及常合并环枕部畸形及小脑扁桃体下疝畸形，而且这些又被认为与病因有关，因此在明确诊断后应采取手术治疗。但目前尚缺乏公认的统一的手术方式。手术的效果仍需要通过较大量病例的实践与较长时期的观察。
一、手术的理论依据有两点
1、进行颅颈交界区域减压，处理该部位可能存在的畸形和其他病理因素，消除病因，预防病变发展与恶化。
2、做空洞切开分流术，使空洞缩小，解除内在压迫因素，以缓解症状。
二、常见手术方式有三种
1.颅后窝、颅颈交界区减压术
按常规颅后窝减压术方式进行，包括切除部分枕骨和上颈椎椎板，将硬膜广泛敞开，分离粘连，着重于解除枕骨大孔区之小脑扁桃体下疝、蛛网膜粘连，使第四脑室中孔脑脊液流出畅通。对脊髓空洞症有较好的效果。如发现有肿瘤、囊肿等病理因素，需一并作处理。
2.脊髓空洞切开引流术行枕、颈切开术
将硬脊膜切开，探查空洞部位之脊髓，一般情况下可发现脊髓膨隆。于脊髓最膨隆处的背侧中线、沿后正中裂选择一无血管区，纵形切开脊髓，到达空洞腔。显露脊髓空洞，然后切开空洞并排放液体，于切开处向囊腔内放置一片硅胶膜，以丝线缝合于硬脊膜的边缘作为持续引流的引物，可改善症状。
3.脊髓空洞转流术
按颅颈术式打开枕颈区，于空洞内放置一条细硅胶管，作脊髓空洞-蛛网膜下腔引流术;或将导管送至小脑延髓池或桥池作分流术，对解除脊髓空洞症状有较好效果。
其他治疗包括维生素B族、血管扩张剂、神经细胞代谢功能活化剂等，均可应用。尚可根据病情采用体疗、理疗、针刺疗法，以促进术后神经功能恢复。
温馨提示：本病进展缓慢，常可迁延数十年之久。手术近期疗效明显，但手术亦非根治性手术，应对患者进行术后随访，并通过MRI定期观察空洞及脊髓变化。患者如果属于肾虚明显可以加入附子和肉桂。患者如果属于脾虚明显可以加入党参和自术。患者如果属于肉萎血亏可以加入桂枝和黄精。患者如果属于血瘀明显可以加入桃仁和红花。