临床及胸片常不能诊断。然而，胸部CT发现胸内淋巴结肿大高度提示结核。结核性淋巴结中央低密度，为干酪性坏死，有边缘造影强化。
痰检是首先及最好的诊断方法。痰培养在85%～100%病人中阳性，但需3～6周时间。涂片阳性率30%～90%。未能诊断主要是未考虑结核及痰标本不合适。正在研究用PCR诊断结核。如痰涂片阴性，可用支气管镜。TBBx可显示部分结构病人是肉芽肿，可快速诊断。BAL培养、洗刷、TBBx增加了结核的检出率。
出现胸水时，90%病例培养阳性，涂片阳性率为15%，也有报告胸膜活检。血培养在晚期HIV感染病人阳性率为40%。尿、大便、骨髓的培养也有用。