(一)诊断
具有持续或反复发作腹泻和粘液脓血便、腹痛、里急后重，伴有(或不伴)不同程度全身症状者，在排除细菌性痢疾、阿米巴痢疾、慢性血吸虫病、肠结核等感染性肠炎及克罗恩病、缺血性肠炎、放射性肠炎等非感染性肠炎基础上，具有上述结肠镜检查重要改变中至少l项及粘膜活检组织学所见可以诊断本病(没条件进行结肠镜检查，而X线钡剂灌肠检查具有上述X线征象中至少1项，也可以诊断本病，但不够可靠)。如果临床表现不典型而有典型结肠镜检查表现及粘膜活检组织学所见(或典型X线钡剂灌肠检查表现)者也可诊断本病;有典型临床表现或典型既往史而目前结肠镜检查或X线钡剂灌肠检查无典型改变，应列为"疑诊'随访。应强调，本病并无特异性改变，各种病因均可引起类似的肠道炎症改变，故只有在认真排除各种可能有关的病因后才能作出本病诊断。一个完整的诊断应包括其临床类型、病情严重程度、病变范围、病情分期及并发症。
(二)鉴别诊断
1.慢性细菌性痢疾常有急性菌痢病史，粪便检查可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查时取粘液脓性分泌物培养的阳性率较高，抗菌药物治疗有效。
2.阿米巴肠炎病变主要侵犯右侧结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的粘膜多属正常。粪便或结肠镜取溃疡渗出物检查可找到溶组织阿米巴滋养体或包囊。血清抗阿米巴滋养体抗体阳性。抗阿米巴治疗有效。
3.血吸虫病有疫水接触史，常有肝脾大，粪便检查可发现血吸虫卵，孵化毛蚴阳性，直肠镜检查在急性期可见粘膜黄褐色颗粒，活检粘膜压片或组织病理检查发现血吸虫卵。免疫学检查亦有助鉴别。
4.克罗恩病(Crohn病)克罗恩病的腹泻一般无肉眼血便，结肠镜及X线检查病变主要在回肠末段和邻近结肠且呈非连续性、非弥漫性分布并有其特征改变，与溃疡性结肠炎鉴别一般不难。但要注意，克罗恩病有时可表现为病变单纯累及结肠，此时鉴别诊断十分重要，因为两者在治疗反应和预后上有所差异，最重要的是当需要考虑手术治疗时，术式选择有很大差异。例如全结肠切除加回肠肛门小袋吻合术仅适用于溃疡性结肠炎而不适用于克罗恩病，该术式对前者为根治性治疗，而用于后者则术后回肠吻合口复发率非常高。溃疡性结肠炎与结肠克罗恩病的鉴别要点是：溃疡性结肠炎病变从肛端直肠开始逆行向上扩展，病变呈连续性和弥漫性，极少数病例可见回肠末段数厘米内粘膜炎症改变但无溃疡形成。如见直肠不受累的结肠病变、病变肠段间有正常粘膜的肠段(非连续性)、纵行溃疡间有正常周围粘膜(非弥漫性)则为克罗恩病特征;广泛的肛周病变、瘘和腹腔脓肿仅见于克罗恩病;肠腔明显狭窄多见于克罗恩病;活检如见非干酪样肉芽肿支持克罗恩病诊断。然而，即使仔细鉴别，仍有少部分(西方文献报道约10%)结肠IBD无法肯定分类，此时称为未定型结肠炎(indeterminatecolitis)，可能要经过长期随访才能作出判断。
5.大肠癌多见于中年以后，直肠指检常可触到肿块，结肠镜与X线钡剂灌肠检查对鉴别诊断有价值，活检可确诊。须注意溃疡性结肠炎也可引起结肠癌变。
6.肠易激综合征粪便有粘液但无脓血，显微镜检查正常，结肠镜检查无器质性病变证据。
7.其他其他感染性肠炎(如肠结核、沙门菌结肠炎、耶尔森菌肠炎、空肠弯曲菌肠炎、抗菌药物相关性肠炎、真菌性肠炎等)、缺血性结肠炎、放射性肠炎、胶原性结肠炎、白塞病、结肠息肉病、结肠憩室炎等应和本病鉴别。