1.特异性肠道感染主要依靠病原体的发现。
(1)慢性细菌性痢疾
常有急性细菌性痢疾病史;抗菌药治疗有效;粪便培养可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查时采取粘液脓血培养，阳性率较高。
(2)慢性阿米巴肠炎
病变主要侵犯右侧结肠，亦可累及左侧结肠，有散在性溃疡，溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的粘膜多属正常，粪便可找到阿米巴的滋养体或包囊，通过结肠镜采取溃疡面渗出物或溃疡边缘处的活体找到阿米巴，阳性率较高;抗阿米巴治疗有效。
(3)其他
血吸虫病以及其他病原体和沙门菌属。肠道致病性大肠杆菌、产气英膜杆菌、病毒等引起的肠道感染，大都可通过粪检或培养找到病原体，相应的抗菌或抗原虫治疗有效。
2.克隆病其临床表现腹痛、腹泻、发热等症状与溃疡性结肠炎颇为近似，有时，不经组织学检查或其他特殊检查，单凭临床表现鉴别则十分不易。克隆病病变主要侵犯回肠末端，腹痛多位于右下腹或脐周，里急后重少见，粪便常无粘液脓血。腹部肿块、瘘管形成、肛门及直肠周围病灶较多见;X线钡剂造影检查于回肠末端可见线样症;乙状结肠检查多属正常，若累及直肠或结肠时，可见病变部分粘膜呈卵石样隆起，有圆形、纵行线状或匐行性溃疡，多无渗出性或接触性出血，病变呈节段性分布，粘膜活组织检查对诊断有帮助。
3.肠结核溃疡性肠结核者，大多伴有肺或其他原发结核病灶，多在结肠右侧，便血甚少见，有结核性病理特征与临床表现，粪中可检出结核杆菌，正规抗结核治疗效果较好。
4.直肠结肠癌多见于中年以后，多数直肠癌于肛门指诊时能触到肿块，脱落细胞学。结肠镜及X线钡灌肠检查对鉴别诊断有帮助;活检可确诊。但要注意结肠癌和结肠炎可以并存。
5.过敏结肠常伴有结肠以外的神经官能性症状;本病腹泻为持续性或反复发作性，粪便可有粘液，但无脓血，常规检查除稀便或不成形外，无其他病理成分。结肠镜和X线钡灌肠检查可见结肠激惹性增加，但无器质性病变。本病需较长时间观察，除外消化系统及消化系以外的有关疾病后才能诊断。
6.放射性肠炎表现为肠道炎变，溃疡形成、硬化性变，狭窄或坏死等。患者均有腹腔脏器接受放疗病史可资鉴别。
7.缺血性肠炎多见于老年人，由动脉硬化而引起。突然发病，下腹痛伴呕吐，24～48小时后出现血性腹泻，发热、白细胞增多，重症者肠坏死穿孔发生腹膜炎，轻者为可逆性过程，经1～2周至1～6个月的时间可治愈。有可能钡灌肠X线检查时，可见指压痕征、假性肿瘤、假性慈室。肠壁的锯齿状改变及管腔纺锤状狭窄等。内镜下可见由粘膜下出血造成的暗紫色隆起，粘膜的剥脱出血及溃疡等可保持与正常粘膜的明显分界。病变在结肠脾曲处者较多。
8.结肠粪性溃疡是坚硬粪块充塞结肠所引起的胸粘膜溃疡和出血，主要鉴别特征是：便秘、体弱、长期卧床，脱水，以及经常使用导致便秘的抗酸药，如氢氧化铝或碳酸钙等。肛指检查或乙状结肠镜检查多能发现坚硬粪块。病人可经常有便意而不能排粪或排不尽。个别病例也有腹泻者。
9.其他还需与结肠息肉病、结肠憩室病、真菌性结肠炎等鉴别。