慢性结肠炎病因复杂，诊断尤其为重要，应做一系列检查。检查能帮助医生排除其他能够引起类似症状的疾病，比如克罗恩病，肠易激综合征者憩室炎。
在包括血检、粪检的一系列检查中，结肠镜检查尤其重要。慢性结肠炎必须通过内窥镜检查才能明确炎症的不同范围和病变的程度，从而明确诊断。慢性结肠通过病理检查和连续定期的内窥镜追踪检查后，不断调整治疗方案，才能使结肠炎得到合理的有效治疗。全结肠镜优势：集检查、诊断及治疗功能于一身，图像清晰，镜头精巧景深大，能直接观察到人的升结肠、横结肠、降结肠的肠道黏膜病变、肿瘤病变，对早期结肠癌的检查予以精确检查，其另一重要功能是：可对结肠息肉进行镜下治疗。
诊断
(1)临床方面，具有慢性腹泻、粘液便、血便、腹痛，呈慢性反复性发作性或持续性，伴有不同程度的全身症状。少数患者仅有便秘或不出现血便。
(2)临床表现不典型，但有典型结肠镜或X光表现或粘膜活检组织学表现。
(3)溃疡性结肠炎需先排除细菌性痢疾、阿迷巴性结肠炎等病因明确的结肠炎。
(4)病理检查，排除菌痢、阿米巴痢疾、血吸虫病、肠结核等特异性感染性结肠炎与肉芽肿结肠炎、放射性结肠炎。
检查方法
结肠镜检查
在这项检查中，医生将用一根薄细的照明工具查看你整段结肠内面。同时，医生也可能会钳取结肠内层样本做检查(活组织检查)。
饮灌肠X线摄片检查
可观察整个结肠，直肠的形态改变，对提供诊断依据、选择治疗方案、估计病程长短均有一定的价值。
钡灌肠X线检查
可见肠粘膜皱襞紊乱，甚至结肠袋变浅，消失;肠粘膜充血、水肿、毛细血管纹理不清晰或消失，或伴有浅表糜烂，出血点。
血检
这项试验是为了检查感染和炎症。
粪检
为了查找血液，感染，白细胞。
鉴别
1、慢性细菌性痢疾常有急性细菌性痢疾史，抗菌药物治疗有效，粪便培养分离分离出痢疾杆菌，结肠镜检时取粘液脓性分泌物培养的出性率较高。
2、慢性阿米巴痢疾病变主要侵犯右侧结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘深切，溃疡间粘膜正常。粪便或结肠镜取出的分泌物中可找到阿米巴滋养体或包囊。抗阿米巴治疗有效。
3、血吸虫病在流行病区有疫水接触史，粪便检查可见血吸虫卵，孵化毛蚴阳性。直肠镜检在急性期可见直肠粘膜 有黄褐色颗粒，活检压片或组织病理检查，可见血吸虫卵。患者常伴肝脾肿大。
4、肠易激综合征粪便有粘液但无脓血，可有便秘和腹泻交替，常伴腹痛、腹胀、肠鸣及全身神经官能症，各种检查无明显品质病变发现，症状与情绪、精神状况密切相关。
5、结肠癌多见于中年以后，肛门指诊常能触到肿块，粪潜血常阳生，X线钡剂灌纤维结肠镜检，有鉴别诊断