一、慢性肠炎的诊断标准
(1)发作时，出现腹泻、腹痛等。病久则呈现慢性营养不良。体格检查可有腹部压痛。
(2)大便常规可见白细胞，红细胞和少量脓细胞。大便培养可找到致病菌。
(3)X线钡剂检查和结肠镜检查可排除其他特异性肠道炎症。
二、慢性肠炎的检查项目
1.X 线钡剂检查
急性期一般不宜作钡剂检查。而特别注意的是重度溃疡性结肠炎在作钡灌肠时，有诱发肠扩张与穿孔的可能性。钡灌肠对本病的诊断和鉴别诊断有重要价值。临床静止期可作钡灌肠检查，以判断近端结肠病变，需排除克隆病者宜再作全消化道钡餐检查，气钡双重对比法更易发现黏膜浅表病变。
2.内镜检查
临床上多数病变在直肠和乙状结肠，采用乙状结肠镜检查很有价值，对于慢性或疑为全结肠患者，宜行全结肠镜检查。一般不作清洁灌肠，急性期重型者应列为禁忌，以防穿孔。
三、慢性肠炎的鉴别诊断
1.肠结核
起病缓慢，多位于右下腹部，可有阵发性绞痛，肠鸣音增强，常有大便习惯改变，干、稀交替。轻者仅有稀便，重者为粘液脓血便。可有恶心、呕吐、腹胀，食欲减退。体检仅有右下腹压痛。辅助检查：血沉增快，结肠菌试验阳性，大便培养可找到抗酸杆菌。给予纤维肠镜检查以确认本病。
2.原发性小肠吸收不良综合征
本病典型症状为脂肪泻。大便色淡，量多，呈油脂状或泡沫状，常浮于水面多有恶臭味。多伴腹胀、腹痛，有乏力、体重下降、出血等营养不良表现，病程长，病情时轻时重，做X线钡餐检查有利诊断。
3.克隆病
是一种原因不明的慢性肠道炎症性疾病，起病缓慢，有消瘦、纳呆、乏力等表现。腹痛位于脐周或右下腹。腹泻初为间歇性，以后渐为持续性。日行 3～6次，软便或半液状。右下腹压痛，可触及包块。晚期呈现消瘦、贫血、肠吸收不良及电解质紊乱等表现。肠系膜动脉造影或内窥镜及活组织检查，可明确诊断。
4.特发性溃疡性结肠炎
本病原因不明，是与免疫有关的慢性病，多以溃疡为主，累及结膜粘膜，以青壮年多见。腹痛常在左下腹或全腹压痛明显，伴肠鸣音亢进。有食欲减退，体重下降及营养不良等症状。可行乙状结肠镜和活组织检查以利诊断。
5.胃肠神经官能症
此病是高级神经功能紊乱引起的胃肠功能障碍。起病较慢，临床表现以胃肠道症状为主，表现神经性嗳气、厌食、呕吐、精神性腹泻、结肠激惹症，脾曲综合征等。