尖锐湿疣治疗原则是尽可能去除可见的疣体，并减少复发。无论用何种方法治疗，复发总是难免的，但再次治疗还是有效。
尖锐湿疣的治疗主要是外用疗法去除已生长出的湿疣病变。目前，治疗尖锐湿疣的外用疗法有激光疗法、药物疗法、冷冻疗法、微波疗法、光动力疗法和手术疗法等，但应用较多的是激光疗法和外用药物疗法。这些疗法的合理选择要根据患者的身体状况和病变情况、尤其是病变情况而定，如病变发生的部位以及病变范围、类型与大小等。
1.外用药物疗法
这类药物具有抗病毒和/或提高局部抗力作用，药物应用安全，对患者的痛苦小，多数疗效好。该疗法适用于各部位及各种类型的疣体，但对带蒂状疣体疗效差，对明显肥厚或巨大的疣体需要反复或长疗程用药。
2.激光疗法
该疗法能快速去除湿疣病变，适用于发生于外生殖器或肛周等部位皮肤或黏膜上的颗粒状或菜花状单个疣体以及发生于尿道口、阴道口、阴道壁或宫颈部位的单个疣体，单个大菜花状带蒂状疣体也多选择激光疗法。该疗法不适用于大面积疣体或反复治疗尿道口和肛门内病变，否则易产生尿道口或肛门粘连与狭窄，导致排尿或排便困难。激光疗法对患者会产生一定痛苦，尤其是大面积病变治疗后易感染、伤口愈合缓慢、预后遗留疤痕或某些生理部位的缺陷等。
3.光动力疗法
该疗法多用于较局限、较小疣体或在激光等疗法先去除疣体后作为一种预防复发性治疗。该疗法安全性较好，但光照时局部有灼热或疼痛感，有些可引起局部水肿，每次治疗时间较长，治疗费用也较高。
此外，患者的身体状况在合理选择以上疗法时应加注意。通常，对患有免疫性疾病如红斑性狼疮等患者，或患有恶心肿瘤在进行放疗/化疗者，应尽可能选择外用药物疗法，因激光等损伤性疗法后易发生感染以及伤口愈合困难。