1.药物治疗。包括免疫制剂，抗病毒制剂，中药制剂等多种药物，只能辅助治疗。
2.冷冻治疗。液氮或二氧化碳干冰冷冻，使疣组织(即皮肤损害局部)坏死。冷冻治疗的最大好处是局部去除疣体快，治愈率约70%左右，但复发率较高在30-70%。治疗过程中会有局部红肿，疼痛及水疱溃疡反应。
3.手术治疗。对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的、较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。为防止复发，术后应该配合其他治疗。
4.激光或者电烧治疗。对表浅的湿疣合适;它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体不太大的尖锐湿疣，如疣体较大，则不适合。烧灼创面恢复慢，遗留疤痕，复发率较高。激光治疗见效快，但复发率也高。
5、光动力疗法。光动力治疗疗效确切，清除率高，复发率低，安全无创，不留疤痕。最大的优势是可以清除HPV亚临床感染和潜伏感染病灶，显著降低复发率。适用于尿道内，宫颈内，肛门周围等各解剖部位尖锐湿疣的治疗，特别适合治疗反复复发的尖锐湿疣以及用其他疗法治疗无效的患者。或者配合其他治疗方法进行综合治疗，是目前尖锐湿疣的理想治疗方案。光动力治疗虽然是目前比好好的方法，如果操作不好，效果也达不到，并不是说你做过多少次就能好，如果每次不成功那永远好不了，光动力手术细节操作非常多，如过任何一个环节有问题都不会有结果的。另外尖锐湿疣治疗过程中有些患者很疼痛，如果选择无痛治疗是最佳选择，即治疗了尖锐湿疣也没有任何痛苦。