对于尖锐湿疣的用药，是一个颇为复杂的问题。因为这一病情的复杂性，每一位患者的病情都可能有所不同，而且治疗尖锐湿疣的药物都有着不小的副作用，必须由医生随时判断，综合治疗方法，但是总的来说，还是需要药物作为辅助的。
对于尖锐湿疣来讲，首选的用药就是足叶草脂，对于一般的尖锐湿疣，可以一次治愈，在世界上很多地区是作为首选用药。在使用此药时，必须要涂抹在湿润位置。比如没有切过包皮的龟头或者是在会阴等位置的湿疣。需要注意的是，宫颈等部位的湿疣，不能使用这种方法。具体使用方法为，使用20%的足叶草脂来涂抹患处，在用药之前，最好使用相关的抗菌药膏涂抹一遍，保护附近正常的部位。在涂药4个小时以后，使用肥皂水进行清洗。如果使用药物之后并未痊愈，可以等待三天后再次涂抹药物。
足叶草脂也有不少的副作用，对于患处的破坏较大，如果没有用好，很可能引起溃疡。也有可能导致身体中毒，主要症状为恶心、尿路不畅、心跳血液出现问题等，如果出现此类问题，必须停止用药，等待医生的诊断。
尖锐湿疣的治疗，还可以选择抗病毒药。常用的选择为肽丁胺霜，通常用量为5%，每日需要在患处涂抹两次。在涂抹之外，还需要配套口服用药，一般选择无环鸟苷，需要每日服用1000mg，每天分为五次服用。同时需要配套注射干扰素，选择α-干扰素，每日用量为三百万单位，需要连续用药超过五天。
抗癌药物对于尖锐湿疣的治疗，也有着极佳的效果。常见的5-FU，就可以直接涂抹于患处，通常情况下使用5%比例的药膏涂抹到患处，每天使用两次，持续使用三周作为一个疗程。在治疗阴茎、肛肠附近的疣体时，可以使用2.5%到5%比例的5-FU来湿敷患处，每次需要在患处敷上20分钟，每天敷一次，连续六日作为一个疗程。使用5-FU时，也可以将PEG作为基质，在PEG当中，加入5%的5FU制作成为栓剂，这种配方对于尿道内的疣体极为有效，男女都可以使用。
5-FU也就是氟尿嘧啶作为世界上应用最为广泛的抗代谢药，能够抑制各种各样的增值细胞，最大的效果就是预防疾病复发以及各种疑难杂症。通过在人体内产生FUTP，结合到RNA当中，产生干扰作用;还产生FdUMP，来阻止DNA的产生。注射入皮下之后，能够有效治疗尿道附近的疣体。
当5-FU治疗失败时，可以选择噻替哌，每日使用15mg规格栓剂，连续使用八次作为一个疗程。也可以将噻替哌兑入消毒水中，比例为60毫克兑入10毫升;将混合成的药液滴入地尿道当中，持续半小时，也可以起到治愈的效果。但是将液体滴入尿道会产生尿道炎。