鉴别灰指甲与指甲营养不良，灰指甲主般先从一至两个指甲开始逐浙蔓延，指甲营养不良一般是所有的指甲均有症状。
指甲营养不良为所有的指(趾)甲甲板均变薄，表面有表浅细小线纹、纵嵴，尤于被砂皮纸搽过。指甲无光泽，呈乳白色浑浊，指甲质脆易碎，游离缘可分离、层状松懈，有切迹。指甲有很多纵嵴是本症的特征，指甲下及指甲周无改变。多见于18个月～18岁儿童，成人时消退，故开始被称为儿童指甲营养不良。但本病也发生于青年及成年人，故现在称为指甲营养不良。其病因不明，可以是特发性的，部分可能是斑秃、银屑病、扁平苔藓、湿疹、灰指甲病的表现。但无皮肤、毛发、牙齿及口腔粘膜的病变。