尖锐湿疣具有传染度高、容易复发的特点，根据这个特征，对它的治疗就不能像其它疾病那样采用一种方法就能将HPV病毒扼杀。相比于中医疗法，西医治疗的疗程更短、见效更快，也是临床上采用最多的方法。
激光治疗
通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，对单发或少量多发疣体可行一次性治疗，对多发或面积大的疣体可行2～3次治疗，间隔时间一般为一周。
电灼治疗
采用高频电针或电刀切除湿疣。本疗法适应数量少，面积小的湿疣。
冷冻疗法
利用-196℃低温的液氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落，操作简便、高效，病人易耐受。本法适用于数量少，面积小的湿疣，可行1～2次治疗，间隔时间为一周。
化学治疗
(1)0.5%鬼臼毒素酊(或0.15%霜) 适用于治疗直径≤10mm的生殖器疣，临床治愈率可达90%左右。用药疣体总面积不应超过10cm2，日用药总量不应超过0.5ml。用药后应待局部药物自然干燥。副作用以局部刺激作用为主，可有瘙痒、灼痛、红肿、糜烂及坏死。另外，此药有致畸作用，孕妇忌用。
(2)5%咪喹莫特霜 治疗尖锐湿疣，疣体的清除率平均为56%。该疗法的优点为复发率低，约为13%。出现红斑不是停药指征，出现糜烂或破损需要停药并复诊，由医生处理创面及决定是否继续用药，副作用以局部刺激作用为主，可有瘙痒、灼痛、红斑、糜烂。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未确立，孕妇忌用。
(3)80%～90%三氯醋酸或二氯醋酸 需由医生实施治疗。使用时，在疣损害上涂少量药液，待其干燥，此时见表面形成一层白霜。在治疗时应注意保护周围的正常皮肤和黏膜，如果外用药液量过剩，可敷上滑石粉,或碳酸氢钠(苏打粉)或液体皂以中和过量的、未反应的酸。此药不能用于角化过度或较大的、多发性以及面积较大的疣体。不良反应为局部刺激、红肿、糜烂等。
温馨提示：尖锐湿疣的发病多数跟不洁性行为有关，很多患者在不洁性行为后一个月内发现没有发病而放松警惕，殊不知HPV病毒的潜伏期可长达3个月，一旦错过了发病初期，也就失去了治疗的最佳时机。